辣椒素過多會劇烈刺激胃腸粘膜，使其高度充血，蠕動加快，引起胃痛、腹痛、腹瀉和肛門灼熱刺痛，誘發胃腸疾病，促進痔瘡出血。前列腺肥大患者吃辣椒會刺激前列腺，使其充血腫脹。膽結石、慢性膽囊炎患者吃辣椒，會增加膽囊收縮素的產生，使膽道括約肌緊張，膽汁流出不暢。
來自風濕性關節炎患者的辣椒可以與人體內的抗體結合，形成免疫復合物，沈積在關節周圍，釋放引起疼痛和加重關節炎的化學物質。肛腸疾病患者食用辣椒，可直接刺激直腸黏膜，引起腸道出血、腫脹，加重肛裂、痔瘡等疾病。