吃南瓜子可以預防高脂血癥和高膽固醇血癥，防止血栓形成，抗氧化。
南瓜籽含有大量的磷。如果人們經常食用南瓜子，吸收其中的磷，可以防止礦物質在人體泌尿系統中凝結，隨尿液排出體外，從而達到預防腎結石的目的，促進已有結石的排出。
南瓜子對人體內的寄生蟲(如蟯蟲、鉤蟲)有很好的殺滅作用。對血吸蟲病也有很好的殺滅作用，是血吸蟲病食療的首選。
南瓜子中含有豐富的泛酸，可以緩解靜止性心絞痛，降低血壓。
吃生南瓜子可以治療早泄、尿頻。
富含維生素B1和維生素E，能鎮靜情緒，防止細胞老化，預防成人病，治療失眠，增強記憶力。
可用於治療慢性氣虛、脾胃虛弱、氣短、倦怠、便溏、糖尿病。