瓊脂由兩部分組成:瓊脂糖和瓊脂凝集素。瓊脂糖作為膠凝劑，是壹種不含硫酸鹽(鹽)的非離子多糖，是成膠成分，其大分子在1，3糖苷鍵上交替連接β-D-吡喃半乳糖殘基和3，6-α-L-吡喃半乳糖殘基。瓊脂果膠為非凝膠部分，是壹種含有硫酸鹽(鹽)、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的復合多糖。壹般商用瓊脂含有2%-7%的硫酸鹽，0%-3%的丙酮酸鹽和1%-3%的甲基和乙基。在工業上，瓊脂的顏色從白色到微黃色，具有凝膠狀的質地，無臭或略有特征性氣味。瓊脂不溶於冷水，溶於沸水，緩慢溶於熱水。
分數公式:(C12H18O9)n
從分子式可以知道，瓊脂是從海藻中提取的多糖。其結構中存在醛酸結構，其中醛結構不穩定，易被氧化。在加熱的過程中，部分醛類的結構被氧化，導致結構變化和顏色變化。因為每次氧化時醛的數量不能固定，所以顏色不同。