有性態為Diplocarpon mali Harada et Sawamura稱蘋果雙殼，屬子囊菌門真菌；無性世代Marssonina mali（P.Henn.）Ito.稱蘋果盤二孢，屬半知菌類真菌。褐斑病菌無性世代產生菌素，多分枝，粗20～40μm，細胞深褐色，菌索交叉點上方著生分生孢子盤；大小108～306×45～50μm，成熟後突破表皮外露。分生孢子梗無色、單生、圓柱形，大小15～20×3～4μm，柵狀排列，頂生分生孢子。分生孢子無色、雙胞、中間縊縮，上胞大且圓，下胞小而尖，呈葫蘆狀，大小14～20×5～9μm，內含2～4個油球，偶生少數單胞的分生孢子混生在壹起。擬分生孢子盤灰白色，蟲糞狀，吸水膨脹後湧出大量擬分生孢子，散布於病斑表面。子囊盤肉質，缽狀，大小105～200×80～125μm，子囊闊棍棒狀，具囊蓋，大小40～49×12～14μm，內含8個子囊孢子。子囊孢子香蕉形，壹端稍彎曲，通常具壹隔膜，大小24～30×5～6μm。