草菇菌株通常在培養期間檢查兩次。第壹次:接種後2 ~ 3天,這期間菌絲剛剛萌發並被吃掉,除了培養面,其他部位應該看不到菌絲。如果有被汙染的雜菌,雜菌的菌落是最容易發現的,所以這是檢查種子的好時機。第壹次種子檢驗的重點是在材料表面,以便及時發現汙染點,以免被食用菌菌絲覆蓋而產生錯覺,所以要仔細檢查。第二次是在細菌遍布滿臉之後。在此期間,雜菌的汙染主要是由於培養料未預先浸泡,或袋子有微小的砂眼和孔洞而造成的滅菌不徹底。二次種子檢驗的主要部位是袋(瓶)的側壁、底部和封口。