1.生長期短:水東芥菜屬於黍屬，生長期短，栽培時間壹般在春季或秋季。因此，種植水東芥菜要註意選擇合適的時間，保證其正常生長和收獲。
2.對生長條件的要求更高:水東芥菜對生長條件的要求更高，需要充足的日照、適宜的溫濕度、肥沃的土壤等等。如果生長條件不足或不合適，就會影響其生長和質量。
3、病蟲害防治難:水東芥菜容易發生病蟲害，如黃萎病、黑斑病、菜青蟲、蚜蟲等。而且水東芥菜對化學農藥等化學物質比較敏感，很難控制。
4.市場價格波動較大:水東榨菜市場價格波動較大，受供求關系、季節變化、天氣等多種因素影響。因此，種植水東芥菜需要提前了解市場情況，制定合理的銷售策略。