丹皮壹般在移栽後3～5年即可采收，常在9月下旬至10月上旬選擇晴天采挖，采挖時先深挖四周將泥土刨開，將根全部挖起，抖去泥土，結合分株，將大、中根條自基部剪下進行加工。
關於丹皮的種植年限，壹般3～5年不等，但從經濟效益和有效成分綜合考慮，在正常年景，對鳳丹來說，移栽3年采收較好。綜合考慮年產量和有效成分含量，花盛開期產量低，但丹皮酚含量高；而枝葉枯萎期產量高，但丹皮酚含量低，所以如果以提取丹皮酚為目的應在花盛開期采收，此時每667米2丹皮酚產量最高（22.34千克）；如果以生產藥材為目的，以枝葉枯萎期即9～10月份采收較佳，此時丹皮酚每667米2產量為14.81千克，丹皮酚含量僅次於花盛期，也符合傳統采收期，符合中醫長期用藥習慣劑量。