豆腐乳由腐乳發酵而成時容易被微生物汙染，豆腐坯中的蛋白質被氧化分解產生含硫化合物，過量食用對人體健康有害。豆腐乳中鹽和嘌呤的含量普遍較高，高血壓、心血管疾病、痛風、腎病、消化道潰瘍患者應少吃或不吃，以免加重病情。