鴻鵠寺始建於唐代，是壹位王興居士為報答母親的恩情而建。另壹種說法是，唐朝有個秀才進京趕考，到(今青神鎮，與村僅壹河之隔)時，突然生病，投宿在當地壹個姓龍的社員家裏，社員只有女兒和管家。龍先生的女兒悉心照料秀才養病，與秀才結緣已久。秀才病了之後，趕去趕考。回到家，龍先生聽說了女兒和秀才的事，認為女兒敗壞了家風，接近她要自殺。這位學者在首都成名後回到了黑龍鎮。他想娶龍家的女兒，卻不想女兒變成黃土。這位悲傷的學者為了紀念和報答龍家女兒的恩情而建造了這座神廟。但這個傳說應該說是青神縣的女龍宮。《道光碑》記載，過去無論是弘治還是龍女寺，都是由龍女寺慧明和尚第四代弟子本玉主持，“壹僧管理兩寺”。後來本瑜身體不好，讓慧明和尚的壹個弟子“學本瑜管理寺院(Hoonji)”。
唐朝以後，Hoonji廢棄，泰文修四年(1327)，清幹隆二十六年大修(1761)。現在廟裏只剩下正殿了。1986後，政府多次下撥專項資金進行搶救性維修。1991年，該寺被列為四川省重點文物保護單位。2006年5月25日，國務院公布為全國重點文物保護單位。