林克跟著骷髏頭男孩穿過山洞來到塔米尼亞的時鐘鎮。在那裏，他遇到了壹個快樂的面具商人。商人告訴林克，如果林克能從骷髏男孩那裏拿回時間之笛和姆吉拉的面具，他可以幫忙。林克和達多離開位於時鐘鎮中心的Torre dell'Orologio，為時間嘉年華做準備。林克得知月亮將在三天後墜落在塔尼米亞。第三天，午夜，他在鐘樓頂上遇到了骷髏男孩和地精泰爾。林克拿不回面具，但他得到了時間之笛，並演奏了“時間之歌”，這讓林克回到了他剛到塔米亞的時候。
快樂面具商人教了林克醫療之歌，把林克變回人形，留下了壹個德庫面具。面具販子後來告訴林克，姆吉拉面具會實現佩戴者的願望，但代價是用壹種邪惡的破壞性力量占有佩戴者的身體。由於害怕它帶來的滅頂之災，祖先們將面具“永遠封存在隱蔽的地方”，以避免其使用不當。封印面具的種族已經消失，姆吉拉面具的起源和本質已經失傳。被姆吉拉面具附身的骷髏男孩要為月亮變成塔尼米亞的威脅承擔責任。
Linkde穿梭於落木沼澤、雪山、大灣區和伊坎納峽谷之間。他必須進入這四個地區的神廟，他通過擊敗居住在那裏的領袖，獲得了召喚四個巨人拯救塔米娜的力量。壹旦四個首領都被擊敗，林克召喚巨人來抵抗月亮向塔米娜的墜落。姆吉拉的面具從骷髏男孩身上升起，進入月球。在達多的幫助下，林克追月，打敗了姆吉拉的面具。四個巨人隨後回去睡覺，鐵托和特爾以及從姆吉拉面具下解放出來的骷髏男孩團聚了。快樂的面具商人拿起了姆吉拉的面具，檢查了壹下，說它所包含的邪惡力量已經被凈化了。就在狂歡節開始的時候，林克騎著埃布納離開了。遊戲以刻有林克、大朵、特二、骷髏男孩、四大巨人的樹幹為背景，展示幕後制作名單。畫面顯示時，背景短暫播放“Saria之歌”的片段。