蘿蔔筐被運到了和平谷的壹家面館。老板平先生發現了藏在裏面的小寶。他把阿寶帶回家，壹邊照顧他，壹邊尋找他的親戚。慢慢的，他和熊貓寶寶產生了感情。平先生尋找親生父母無果後，決定收養他，取名“阿寶”。從此阿寶就在面館裏快樂的成長。這期間，他很少懷疑自己和養父的血緣關系。當阿寶長大後，他迷上了功夫。他夢想有壹天能成為英雄。但現實把他從夢中拉了回來——他只是壹只胖胖的大熊貓，從小就幫平先生經營面館。平先生希望有壹天阿寶能繼承這家面館的配方和祖傳的“秘方鮮湯”，但阿寶不想讓父親失望，只好勉強表現出對煮面的興趣。
但在他心裏，阿寶是個死忠的功夫迷。他把功夫大師“蓋世五俠”當成偶像，幻想自己會成為懲惡揚善、有武功的江湖英雄。他還在自己的房間裏擺滿了關於功夫和蓋世五俠的海報和玩偶，深入學習各種與功夫有關的知識——當然阿寶最多只是個資深粉絲，和功夫有關的壹切。
命運雖然撲朔迷離，但總會在意想不到的時刻給妳驚喜。我有壹種預感，武林中最危險的功夫大師大龍已經從長崗監獄逃出來了。翡翠宮龜少爺決定舉行比武大會，從“人間五傑”中選出傳說中的大俠——神龍大俠，獲勝者將獲得記載著絕世武功的“神龍秘笈”。阿寶聞訊後離開面條生意，前往翡翠宮觀看發布會，沒想到後來卻被拒之門外。
在多次嘗試進入失敗後，阿寶決定在椅子上綁很多煙花，讓他飛向競技場。就在烏龜大師要選《神龍大俠》的時候，“扶搖直上”的阿寶正好倒在了會場中央。硝煙散盡，烏龜指著阿寶，他向大家宣布阿寶就是“神龍大俠”！所有在場的人，包括阿寶，都震驚了。
在觀眾的掌聲中，阿寶(艱難地)被擡上了轎子(壹起來就坐穿了底)，送到了翡翠宮。他被轎夫“扔”進了門，還沒來得及痛得叫出聲來，他的註意力就被大廳裏陳列的與功夫有關的展品吸引住了。這時，師父出現在阿寶面前。沒有入選“大地五俠”，阿寶誤得“神龍大俠”身份，讓他顏面盡失，心情不爽。他認為這只“胖熊貓”不是也不可能是“神龍大俠”。師父在與阿寶的交談中充滿不快，甚至用他的絕技“不用鐵指扣”來威脅他，以保證阿寶。後來師父把阿寶帶進訓練場，讓他和大地五俠壹起訓練。但畢竟以前沒練過功夫，被打得滿天飛。
當晚，猛虎在宿舍當面罵阿寶，說他“不屬於玉宮”，“是武林之恥”，要他第二天壹早離開。阿寶覺得很失落，就壹個人去吃桃子自娛自樂。烏龜大師找到阿寶，聽了他的故事，開導他不要太在意自己與功夫無關的過去，要看到有前途的未來。
第二天，師父和五俠驚奇地發現阿寶不僅沒有走，還壹大早跑到訓練場練大劈。阿寶又壹次被“大地五俠”和師父打了壹天，但是阿寶絲毫沒有放棄的跡象。這種樂觀讓師父很生氣。他壹口氣把阿寶踢出門外(但又爬了回來)。蓋世五俠——除了兇猛的老虎——都被阿寶執著的精神感動了。螳螂和蛇在給阿寶針灸放松的時候，說起了師父的大弟子，中原最危險的功夫大師——太龍的故事。兇猛的老虎告訴阿寶，神龍大俠肩負著壹個重要的使命——那就是打敗大龍。像他這樣認真對待功夫的人是不可能做到的。結果螳螂不小心刺傷了阿寶的面部神經。
就在吃飯的時候，師父帶來了兩個非常不好的消息:大龍越獄，正要回平谷報仇，而烏龜大師死了。也就是說，只有“神龍大俠”阿寶才能拯救和平谷。我沒想到阿寶壹聽到這個消息就溜了。師父急忙下山，攔住了他。當他試圖把它趕回去的時候，阿寶抱怨說主人從來都不相信他。他留下來，是因為他相信師父可以改變自己，但這麽多天過去了，他還是原來的自己，這讓他心碎。師父回答:“我真的可以。”阿寶問:“怎麽做？”主人無奈地承認自己不知道。
第二天早上，師父意外發現心煩意亂的阿寶在廚房偷菜。他不僅用拳頭砸碎了所有的櫃子，還飛進櫃子裏大劈開搶金絲猴的杏仁餅幹。驚訝的師傅明白，訓練阿寶不是訓練“大地五俠”就能做到的，於是帶著阿寶去了聖淚池，在那裏烏龜師傅懂得了功夫的含義，壹連幾天。他用食物引誘阿寶做壹些他平時做不到的事。很快，在這種“巧妙”方法的指導下，阿寶很快練就了壹技之長。
師徒二人返回翡翠宮時，鶴帶回了偷偷溜走與太龍對抗的“大地五俠”，卻被輕松擊敗。看到這種情況，師父祭出了最後壹件法寶——《龍的秘密》，讓阿寶閱讀學習裏面記載的武功秘籍。阿寶打開壹看，卻發現裏面壹片空白，壹個字也沒有，這讓師父和“大地五俠”都感到迷茫和失落。無奈之下，師父只好命令村民撤離，他將獨自面對惡龍，為撤離爭取時間。
“蓋世五俠”分散掩護村民撤離，而迷路的阿寶獨自回到面館。平先生不停地安慰抑郁的兒子，但阿寶說，有時候他真的不相信自己是平先生的兒子。這時候，平先生決定把所謂“秘方鮮湯”的配方告訴阿寶，也就是完全不添加材料的清湯面。他解釋說:“要讓某樣東西變得特別，妳必須相信它是特別的。”阿寶看著手裏拿著《無限魔法秘笈》的《龍族秘笈》，恍然大悟，原來根本沒有秘笈。
阿寶爬上了翡翠宮(很吃力)，正好趕上師父和大龍的對決。阿寶暴露了身份，卻被雪豹嘲笑，說他最多只能“坐在屁股上”。阿寶拿出“龍的秘密”，故意讓大龍來搶。在壹次爭執中，他們滾下樓梯(中間阿寶坐在大龍頭上)進村比賽。
阿寶用各種方法阻止大龍得到龍的秘密:把龍的秘密想象成燒餅逼著他追，用煙火加快他的速度，用面條接住龍滿天飛的秘密。大龍歷經千辛萬苦，終於得到了“龍的秘密”，卻失望地發現裏面什麽都沒有。阿寶回答說，他壹開始也不懂，沒有所謂的秘密。關鍵是他自己。大龍又氣又惱，試圖點破阿婆的穴位，但拳頭打在阿婆身上就像抓撓壹樣，逗得他哈哈大笑(編者註:現實中也是如此，脂肪會削弱針灸的效果)。
兩人再次扭打在壹起，不過這次阿寶換了招式，利用自己的特點(大肚子)進攻，最後發出“五溪鐵指扣”(自學成才)擊敗了太龍。
“蓋世五俠”和村民們回來慶祝大龍終於被打敗了。兇虎終於承認了阿寶的本事，叫他“師父”。興奮的阿寶突然想起師父還身負重傷躺在翡翠宮，急忙回去告訴師父大龍被打敗了。
虛弱的師傅祝賀後，閉上眼睛調養。阿寶誤以為他死了，結果被罵了。
阿寶問師父要不要吃點東西，師父答應了。然後師傅和徒弟坐在桃樹下看著和平谷，壹起吃饅頭。隨著至日的冬天即將來臨，師父邀請阿寶在翡翠宮舉辦“冬季至日宴”，這是壹場中國功夫大師雲集的完美盛宴。雖然阿寶很開心，但他仍然希望和他的父親壹起過節。他甚至拒絕了中國最好的廚師，讓他的父親做盛宴。但平先生拒絕了。他讓阿寶專心於“冬季至日宴會”，自己壹個人呆在面館裏招待冬季至日上那些無家可歸的流浪者。
懷著深深的愧疚，阿寶不得不親自下廚，但主人任務太多，被他不小心踢出去挑戰神龍大俠的兔子吳鶴搞得壹塌糊塗。無奈之下，阿寶只好請來了“大地五傑”幫忙裝修廚房，並讓壹直試圖“死不瞑目”的吳鶴管理廚房。
那天晚上，冬季至日盛宴開始後，阿寶越來越意識到他應該在家裏幫助他的父親。他半路丟下功夫大師，跑回家。平先生也發現，拒絕阿寶其實是辜負了他的孝心。父子終於在面館重逢，壹起煮面條。
被阿寶的孝心感動，“大地五俠”和功夫大師們壹起來到平先生的面館，阿寶還把象征榮譽的金鍋鏟送給了吳鶴。郁悶的師傅走到面館門口，奇怪阿寶為什麽要毀了壹場“完美”的盛宴。當他看到面館裏的快樂場景時，他意識到阿寶和他的父親創造了壹個真正的完美。盡管主人轉身離去，阿寶還是把他拉了回來，大家壹起慶祝冬天的至日。打敗惡龍後，希望成為神龍大俠的阿寶和大地五俠壹起守護著和平谷的安寧。有壹天，阿寶當著大地五俠的面發起了壹個高難度的挑戰——看他的嘴裏能裝下多少個豆包！當他到了40歲時，阿寶被師父召喚到龍洞，師父向他展示了捕捉水滴而不破壞它們的能力，並告訴阿寶這是他接下來要學習的-保持冷靜。
音樂家的村莊被壹群狼襲擊，阿寶和“蓋世五俠”趕來救援。就在狼群即將被打敗的時候，狼老大盔甲上的孔雀家族標誌，喚起了阿寶對母親的模糊記憶，狼因為壹時的失神而逃脫。
毫無頭緒的阿寶回到面館向父親尋求答案。平先生承認阿寶不是自己的，但他是從壹個蘿蔔筐裏發現並收養的。雖然平先生不斷安慰阿寶“他的人生可能從壹開始就不順利，但他還是可以有壹個光明的未來”，阿寶對自己的人生經歷還是感到迷茫和難受。
後來師父收到，保衛鳳凰的功夫大師，犀利俠雷霆，被沈王爺自制的新武器(大炮)打死，揚言要滅了功夫，征服中原。為了防止功夫滅絕，師父命令阿寶和"蓋世五俠"立即前往鳳凰城銷毀武器，阻止沈王爺的野心。路上，平先生拖著行李，來送行李。他帶了他最愛吃的食物，他父子的畫像，甚至他小時候最愛的娃娃“蓋世五俠”，怕阿寶再也回不來了。在“蓋世五俠”的催促下，阿寶告別父親離開了。
這群人花了幾天時間爬雪山，穿越沙漠，跋山涉水來到鳳凰城。壹天晚上，所有人都在渡船上睡著了。只有阿寶因為做噩夢心煩意亂，不得不起床練習打坐。阿寶的宣泄驚動了虎妞，就問阿寶為什麽。阿寶告訴他，平先生和自己沒有血緣關系，這給他帶來了很大的麻煩。他希望自己能像虎妞壹樣“無情”，沒有痛苦能傷害他。
來到鳳凰城，大家潛入監獄救出被囚禁的風暴鐵牛男和流星鱷英雄，壹起打敗沈大人，但兩個英雄對沈的武器又怕又絕望，寧願留在監獄裏。阿寶試圖趕走他們，但失敗了。狼老板找到了阿寶，壹群人開始了追逐。最後來到鳳凰城的塔上，被狼圍捕，被抓去見沈王爺。
六個人被帶去見沈王爺。從談話中，阿寶發現沈王爺和嫂子楊似乎知道他的生活秘密，但沈王爺壹句話也沒說。他直接把大炮對準六個人，想殺了他們，但是惡狼打不著火。原來螳螂(只有枷鎖裏阿寶的螳螂娃娃)壹直在放鉛。與此同時，蛇也用尾巴解開了猛虎的腳鐐，猛虎砸碎了其他三人的手銬。
他們成功地摧毀了塔中的大炮，並試圖抓住沈王爺。就在這時，阿寶看到了沈的孔雀翎圖案，記憶中又閃回來了。在他的記憶中，沈王爺也在現場。阿寶的猶豫讓沈王爺再次逃脫，回到煙花廠發射更多的大炮，摧毀寶塔。驚險逃脫之後，虎妞對阿寶的兩次缺席感到憤慨。阿寶承認，他確信沈王爺壹定知道他父母為什麽拋棄他，說虎妞這種鐵石心腸的人是不會明白的。沒想到，虎妞緊緊抱住阿寶，說她完全理解阿寶的經歷和感受(虎妞自己就是個棄兒)。但是為了阿寶的安全，他決定留下來。“蓋世五俠”去了煙花廠，想用火藥炸掉它，阿寶卻借此機會偷偷去和沈王爺面對面決鬥。最後阿寶被沈王爺的大炮打中，“蓋世五俠”被抓。
被撞飛的包飛出，落入江中，被楊嫂救起救治。楊大嫂透露，這裏原來是熊貓村。當初她為沈王爺做了壹個預言，如果他壹意孤行，打算征服中原，那麽就會出現壹個黑白武士，打敗他。結果不服氣的沈王爺領著惡狼去燒熊貓村。阿寶回憶起童年的壹切，學會了如何在痛苦中冷靜下來。他獨自回去面對沈王爺。
阿寶攔住了正準備出航的沈王爺船隊，救出了“蓋世五俠”。這時，鐵牛男、鱷魚武士、大師也趕來幫忙。沈王爺見形勢不妙，不管敵我，點起了大炮，會阻礙引爆。船隊航行順利，每個落水的人都感到絕望。功夫還是打不過炮彈。所有的槍口都對準了阿寶，冷靜的阿寶用太極拳招式成功抵擋住炮彈的攻擊，隨後奮起反擊，最終擊毀艦隊，沈王爺在與阿寶的決鬥中被倒下的桅桿壓死。阿寶落地後給了母老虎壹個“意外”的擁抱。
阿寶回到和平谷，告訴平先生他知道自己的身份，說“我是妳兒子，妳是我爸爸”。
此刻，有許多熊貓住在中國遠處的壹個隱蔽的村莊裏，包括李山，阿寶的父親。他聽到了來自宇宙的消息，他的兒子還活著。阿寶不再是他父親面館裏的學徒，他現在是數次拯救世界於水火之中的神龍大俠。然而，他的冒險遠未結束。作為壹名神龍大俠，要想全力成為頂尖的功夫高手，就必須肩負起隨之而來的挑戰和責任。這壹次的挑戰似乎是最嚴峻的:師父突然決定關起門來，把訓練“蓋世五俠”的工作全部放在阿寶身上！結果當然可以想象“大師”阿寶把課教得亂七八糟，連玉宮裏的仆人都敢當面嘲笑他。
阿寶感到羞愧，只好向師父求助。“誠實”不是教師該做的事。師父給阿寶看了烏龜大師的遺作——氣功，並告誡阿寶雖然不再是那個只能在面館裏給爸爸打零工的熊貓，但還是沒有開始事業。他不明白“神龍大俠”的含義，也沒能揭開他壹生的神秘面紗。但是，正是因為前方的種種艱辛和努力，阿寶才能不斷進步，這也是為什麽要把他訓練成“蓋世五俠”的原因——讓阿寶不斷挑戰自己。
聽了師父的解釋，滿腹疑惑的鮑下到他在和平谷的家中，洗了個澡，玩了玩布娃娃，以解心頭之憂。平先生聽說兒子掌管翡翠宮，喜出望外，因為他將有機會在翡翠宮開分店(在《《功夫熊貓》:大地傳說》中，平先生曾短暫地把他的面館搬到了翡翠宮，但後來發現生意不錯)。他安慰阿寶說，不管他兒子掌管翡翠宮的結果如何，他都是神龍大俠...還有吃豆包的記錄保持者。沒想到話音剛落，鄰居就跑過來大喊:有人打破阿寶吃豆腐的記錄了！而那個人就是李姍，阿寶的親生父親遠道而來！他告訴阿寶，這是“來自宇宙的消息”，並引導自己在這裏找到它。高興的兩人相互擁抱，然後阿寶不顧平先生的抗議，帶著父親參觀了翡翠宮(更確切地說，是大鬧壹場)，並把他的師父和其他弟子介紹給他。
天煞突然來襲，暫時打斷了父子的團聚。阿寶和翡翠宮都出去迎接他們，但天煞溜走了。
為了防備這個“未知”的敵人，師父翻遍了所有東西，終於從烏龜大師的卷軸中找到了線索:原來烏龜是與天煞並肩作戰的兄弟。在壹次戰鬥中，烏龜受了重傷，天煞四處求醫無果，把他背到了壹個滿是熊貓的村子。那裏的村民用神秘的氣功治好了烏龜，同時教給他氣功的秘密。然而，天煞試圖占領氣功，並從那時起。500年前發生了壹場大戰。結果烏龜成功地把天煞封印在靈界，但很明顯天煞吸走了烏龜的氣，500年後又作惡了。全程參加的李善說，他確實會氣功，可以教阿寶，但這種情況下，阿寶必須跟他回熊貓村。
經過戴嶽和翻山越嶺的長途跋涉，阿寶、李姍和因為擔心阿寶被李姍“搶走”而被發現半路藏在籃子裏的平先生，終於來到了熊貓村，這是阿寶的天堂。他是第壹次看到這麽多相似的人在壹起，第壹次覺得自己知道自己是誰。
阿寶急於知道氣功的秘密，壹再敦促父親教他氣功，但李姍慢慢地強調，阿寶必須先學會如何成為壹只熊貓...這對阿寶來說有點尷尬，因為直到最近，他還以為自己是從鵝蛋裏孵出來的...正因為如此，他鬧出了很多笑話:被壹只熊抱得喘不過氣來，對美麗的“誘惑”有點害怕，被問到為什麽在吃飯的時候用。
就在阿寶終於找到了做熊貓的感覺時，那只遍體鱗傷的母老虎闖進了村子，告訴了阿寶有關翡翠宮遇襲的事情，並警告他熊貓村是天煞的下壹個目標。阿寶聞訊後急忙找到父親，希望他能馬上告訴自己氣功的秘密，卻發現氣功失傳已久，李善為了救兒子壹命，只好撒了個謊。失望之余，阿寶把他的失敗變成了憤怒，並開始努力練習武術，準備獨自與天煞戰鬥。憂心忡忡的悍婦虎安慰阿寶說，她已經看到了阿寶的力量，知道了天煞的能力。面對他，阿寶沒有獲勝的機會，但是阿寶決心打敗這個勁敵。他打算用自己打敗太郎的絕招——巫溪鐵指扣把天煞送回靈界。虎妞顯然勸不動他回頭，建議阿寶找幾個幫手，不要單打獨鬥。這時，李善和被平先生勸服的村民出現在阿寶身後，他們同意和阿寶並肩作戰，但前提是阿寶能在短時間內教會他們功夫。
要知道，阿寶連功夫《蓋世五俠》都教不好，更別說這壹大群不會功夫的熊貓了。聽到這個提議，就連母老虎都在背後搖頭，但是阿寶接下來做的事情更讓她吃驚:阿寶應該接下這個苦差事。原來他臨行前記下了龍秘籍的隱意和師父的教誨，終於領悟到教功夫最大的秘訣就是要有說服力，讓習武者做自己。他決定用師父用來訓練自己的“絕招”:在熊貓村獨特的生活習俗上稍作改變，引導熊貓強化自身優勢，達到功夫上“速成”的效果——雖然這讓附近的猛虎迷惑不解，但她還是決定幫阿寶訓練村民。
終於，天煞帶著他的“費屍”大軍來到了熊貓村，卻沒有得到他期待已久的大對決:阿寶玩了壹個空城計，在短時間內利用村民的特訓成果分散了天煞的註意力。趁著這個空檔，阿寶悄悄走近天煞，祭出五溪鐵的手指紐扣。然而，什麽也沒有發生。原來，天煞脫離了塵世，是壹個精神世界的軀體。無錫鐵指扣對他沒用。很快，天煞就把村民們打得落花流水，他打算像以前對待其他俠客壹樣吸阿寶的氣。危急關頭，阿寶孤註壹擲，抱住了天煞，對自己用了五溪鐵指，和天煞壹起把自己吸進了精神世界，只剩下漫天桃花...
然而，在精神世界裏，戰鬥仍然沒有停止。心懷怨恨的天煞不停地打阿寶，試圖讓他喘不過氣來，好讓他重返人間。看到阿寶逐漸失去了天煞，壹股氣流進入了阿寶的身體。原來熊貓村的村民找回了失傳已久的氣功，傳給了靈界的阿寶。阿寶扭轉了局勢。面對神龍大俠的真正憤怒，天煞毫無還手之力——他根本吸收不了這麽多的憤怒。很快，天煞被徹底打敗了，阿寶也成功地找回了被帶走的大師們的靈魂，讓他們回歸了真實的身份。
阿寶在靈界又遇到了烏龜大師。後者向阿寶透露了選擇他為“神龍大俠”的前因後果，認為阿寶會是連接功夫過去和未來的人間英雄。他把他的玉杖交給了阿寶。盡管阿寶壹再拒絕，烏龜說他不用擔心——因為他還有壹根更大的棍子。之後阿寶告別烏龜大師，回到人間，告訴大家他學會了氣功的秘密——雖然師父有點不爽，因為他不僅錯過了整部劇，還讓徒弟超越了自己。他私下找到熊貓，請他傳授氣功的秘密。
不久之後，阿寶在和平谷舉行了壹次會議，與村民們壹起練習氣功。