清代建州劍門鄉屬雲平堡管轄，因鎮名茨竹園而得名。
民國初期，它隸屬於雲平集團。
民國二十四年(1935)設立赤化縣，轄三郎廟鄉蘇維埃。同年，在三郎太寺設立劍閣縣，下轄三馬聯保辦公室。
民國29年(1940)，改為三郎太鄉。1951年分為三郎太鄉和西北建馬路鄉，隸屬劍閣縣劍門區。
1952馬陸鄉劃歸司夏區。同年，司夏區劃歸趙華縣後，馬陸鄉劃歸趙華縣葛亮區。
1953年，朱元、陳嘉、黃沙村分三村建黃沙鄉。
1956年，三郎太鄉並入黃沙鄉。
東壩村1958劃入黃沙鄉。同年，黃沙鄉更名為三郎太人民公社。
1959年，趙華縣並入廣元縣，建有竹園區。朱三郎人民公社被命名為朱元人民公社，隸屬於朱元區。1961，金山人民公社金鎮、金河大隊劃入竹園。
1984，公社改為鄉。
1985，鄉鎮改為朱元鎮。
1986年，竹園劃歸廣元市中區辦事處。
1989屬於元壩區。
1991年，朱元鎮、金子山、馬陸、七佛、劍峰、碾子、白家由元壩區劃歸青川縣，成立朱元地區辦事處。
1992 10撤區並建金子山鄉朱元鎮，直屬青川縣。
1995 165438+10月恢復金子山鄉，直屬青川縣。
2008年5月12日汶川地震後，朱元鎮曾是青川縣城重建的首選。
2009年5月7日，時任四川省民政廳廳長黃明全宣布，經過實地考察和專家充分論證，綜合各方面因素，有關方面決定青川縣黨政機關不搬遷，保留縣城所在地喬莊鎮的基本功能，加大朱元鎮建設力度。青川縣部分單位將適當分流到朱元鎮，緩解喬莊鎮壓力。
2010經廣元市人民政府批準，成立朱元經濟開發區，為副縣級機構，主要負責朱元新區規劃建設、國民經濟和社會事業發展。同年10月，青川朱元經濟開發區在朱元鎮正式成立。