原來島津盤踞在日本西部，與明朝的商人和海盜有著密切的聯系。他聽到消息說明朝使團去了歐洲，想把明朝招募的西方人才據為己有，於是對歸來的明朝使團進行打擊。
雙方在戰爭中遭遇風暴，然後在赤壁之戰前夕穿越中國海岸。這次明朝任務的人員構成是明朝的蘑菇頭女主角和《大航海時代4》中能招募船員的日本海軍大部分頭目，而遊戲中的反派人物則來到了石馬宗仁。蘑菇到達江南，發現自己穿越時深感震驚，但很快就決定了壹個策略:統壹中國，避免日後的五亂，用16世紀的技術將中國改造成科技和航海強國，壹路投靠曹操，助其打贏赤壁之戰；另壹條路是在江東發展，當赤壁之戰曹駿獲勝，江東陷入混亂時，它將發展壯大。之後的進程基本都是以江東為根據地，以曹操和劉備為決定性地位，聯合劉對抗曹操，大規模生產火器，用“現代”的技術和制度反攻，最後先滅魏後滅，實現統壹，建立中華帝國，然後對抗南方匈奴、鮮卑、羌族，同時對外開放海外，蘑菇被加冕為皇後。
其他劇情:使團中有壹些英國代表，為首的是英國人克利福德爵士和他的弟弟理查德。那時，英國還沒有打敗西班牙無敵艦隊。面對強大的西班牙，克利福德主張避開西班牙在大西洋的銳邊，重點發展東線。因此，他作為伊麗莎白壹世女王的特使加入了明朝使團，以便向萬歷皇帝遞交國書，請求兩國進行貿易。但是穿越之後，Clifford的野心開始膨脹。後來英國代表團集體造反，克利福德搶了壹些船逃到南洋。