上海科學普及出版社以普及科學技術知識、倡導科學方法、傳播科學思想、弘揚科學精神、提高全民科學素養為己任，出版了許多科普精品圖書。
出版的重點科普圖書有引進版圖書《科學大師》，有介紹著名的科學家郭申元博士的《想象擁抱的世界——郭申元博士的故事》，該書被選入中宣部和新聞出版總署向全國青少年推薦的“百種青少年優秀圖書”。 “21世紀中國原創科普佳作系列”圖書如《圖解現代生態學入門》、《寫給小“葉永烈”》、《科學精神啟示錄》、《生物“芯”時代》、《宇宙文明探索》。圍繞貫徹落實《全民科學素質行動計劃綱要》，出版了《〈全民科學素質行動計劃綱要〉解讀》。《海上大師》以中國現代科學奠基者在上海的活動為線索，展示了眾多自然科學和社會科學大師為開創中國現代化科學、傳播科學文化所做的貢獻。“學科故事叢書”第二輯包括《揭開生命奧秘》、《探索昆蟲“語言”》、《話說中國帆船》和《走進深海大洋》等。
系列科普圖書“科學眼叢書”於2009年陸續出版，有《基因與健康》、《從泰勒斯到達爾文》、《大腦與基因》等。
初級和中級實用計算機類圖書是本社的出版強項，“中老年人學電腦”、“中老年人學上網”、“中老年人學數碼”系列，“五筆字型速成”系列，“電腦基礎標準培訓教程”系列，“中文版教程”系列，“《中國電腦教育報》電腦萬事通”系列等，具有易學、易操作、易掌握的特點，不同年齡層次的讀者均能找到其所需的電腦學習書籍。如針對網上開店進行創業的“e時代百萬富翁系列”叢書，向讀者全方位展示網上開店的基本流程。
生活實用類圖書貼近讀者的生活實際，頗有亮點。如烹飪類圖書、毛衣編織類圖書等，“果蔬雕刻”系列，“情調生活”系列，《燕翅鮑肚參》、《新編大眾菜譜》、《天天家常菜譜》等圖書常年暢銷，自“快樂生活1001”系列取得良好的市場業績後，新近推出的“圖說生活”系列數十種受到讀者的歡迎，該系列又分為“美食天下”、“健康指南”、“美麗女人”、“生活365”等子系列，《求醫不如求食》、《黃帝內經養生智慧》、《家常滋補養生湯粥》、《四季養生食譜》、《專家推薦的女性營養保健食譜》等自上市起便熱銷，深受讀者青睞。