在生產和商業中，果樹常根據落葉和常綠果樹的結構和生物學特性進行分類，即水果栽培分類，也稱農業生物學分類。
(1)落葉果樹
1.有核果樹:按植物學概念，這類果樹的果實是假的，可食部分由肉質花托發育而成，心內有許多種子，如蘋果、梨、木瓜、山楂等。。
(2)核果類果樹:按植物學概念，這類果樹的果實是其果實，由房屋發育而成，有明顯的外、中、內果皮；外果皮薄，中果皮多肉，是可食用部分，內果皮木質化，成為硬核，如桃、杏、李、櫻桃、錘等。
堅果類果樹:這類果樹的果實或種子有硬殼，可食部分為種子的子葉或胚乳，如核桃、板栗、銀杏、開心果、榛子等。
(4)漿果類果樹:這類果樹的果實小而多汁，如葡萄、葡萄、醋栗、獼猴桃、覆盆子等。
⑤柿子、棗類果樹:這類果樹有柿子、君遷子(黑棗)、大棗、酸棗。
(2)常綠果樹
①柑橘類果樹:這類果樹的果實為柑橘類水果，如橙、橘、柚、橙、檸檬、苦橙、黃皮、柚子等。
②漿果類果樹:果實多汁，如楊桃、桃花、連霧、阿月渾子、樊氏橙、木瓜、法約果等。
荔枝果樹:包括荔枝、龍眼、哨子。
核果類果樹:包括橄欖、橄欖、芒果、楊梅和余甘子。
⑤堅果類果樹:包括腰果、椰子、香榧、巴西果、山竹(芒種柿子)、榴蓮。
⑥莢果樹:包括酸豆、角豆樹、四棱豆、蘋果樹。
⑦多果果樹:多果或心皮的多果，如菠蘿面包果、番荔枝、刺番荔枝等。
草本果樹；香蕉和菠蘿。
⑨葡萄樹(vine)果樹；西番蓮、沙棗等。