在南京宗教案(1616)之前，也發生過壹些神父被當地人圍攻侮辱、住宅被擾、被捕入獄、驅逐出境的事件。但這些事件只是局部事件，影響不大，很快就會平息。但是南京的教學難度不壹樣。這件事發生在利瑪竇死後的第六年，斷斷續續持續了好幾年。後果相當嚴重。
1665438+2009年7月15日，湯若望及其教區居民抵達澳門，被安置在聖保羅書院。傳教士壹踏上中國的土地，就開始認真學習中國的語言和文化，甚至以掌握北京普通話為目標。這些西方僧人入鄉隨俗，脫下僧袍，穿上儒服，住上中國式的房子，潛心研究中國的經典、歷史、倫理，尋找東西方文化的融合。這些精通天文地理和中國經典的西方傳教士，在與朝野名流的交往過程中，自然贏得了中國文人的青睞和信任，從而達到了傳播信仰的目的。這就是利瑪竇倡導的“以儒合儒”的傳教策略。但壹些狂熱的傳教士認為利瑪竇過於遷就中國人民，影響了天主教的“純潔”，使基督徒的發展過於緩慢。利瑪竇死後，開始改變傳教路線，采取激進的傳教方式，堅決排斥儒學，禁止中國教民祭天、祭祖、祭孔，引起民眾的反感和懷疑，導致“南京教案”，傳教士被驅逐，在中國內地鮮有立足之地。