1993/94賽季，阿蘭-佩蘭離開南錫，接手家鄉球隊特魯瓦。36歲，正式開始教練生涯。當時勒羅伊還在法甲三級聯賽，三個賽季後升上了二級聯賽。1998/99賽季，阿蘭·佩蘭執教特魯瓦的第六個年頭，他開始在法國足壇嶄露頭角。那個賽季，特魯瓦以乙級聯賽第三名的身份沖到了法甲聯賽。
1999-2000賽季，阿蘭·佩蘭帶領特魯瓦以13勝4平17負積43分保級，聯賽排名14，逐漸在法國足壇聲名鵲起。隨後的兩個賽季，阿蘭·佩蘭帶領特魯瓦在法甲站穩腳跟，在歐洲賽場表現出色。2001年，阿蘭·佩蘭率隊贏得國際托托杯，獲得聯盟杯參賽資格。這個成績讓阿蘭·佩蘭在2002年成為了馬賽的主帥。
在馬賽期間，阿蘭·佩蘭以創紀錄的價格挖走了德羅巴。2004年，在馬賽呆了兩個賽季後，阿蘭·佩蘭第壹次去西亞執教，並短暫加盟了阿聯酋的艾因隊。三個月後，艾倫·佩蘭回到了歐洲。2005年4月執教樸茨茅斯，英超教練。
2006年夏天，阿蘭·佩蘭回國出任索肖隊主教練，帶著索肖升至聯賽第7，擊敗馬賽奪得法網杯，隨後接替霍利爾出任裏昂主教練。
在2007/8賽季，阿蘭·佩蘭帶領裏昂衛冕聯賽冠軍，並再次贏得法國杯。2008/09賽季，阿蘭·佩蘭成為聖埃蒂安的主帥。然後，2010開始了他漫長的西亞教練生涯。在卡塔爾阿爾科爾隊執教後，他成為卡塔爾奧運會的教練，還執教過阿爾加拉法隊。
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