代料栽培香菇，具有原料來源豐富，生產周期短，栽培環境容易調控，有利於香菇生產工廠化，產量高，效益好等特點。1980年代後期，我國香菇年產量能夠躍居世界第壹，代料栽培香菇立下了汗馬功勞。但是，代料栽培香菇也有壹定風險，有大量汙染，幾乎絕收的報道。
為什麽袋栽香菇容易汙染呢？因為袋栽香菇實質上是在香菇菌種上出菇。為了當年能夠順利出菇，制種季節恰好在高溫、高濕的夏季，比較容易汙染。為了減少雜菌汙染，提高袋栽香菇制種成品率，在遵循菌種制作壹般要求的基礎上，還必須註意以下幾點：
（1）選用質量較好的聚乙烯或聚丙烯塑料筒制袋裝料；（2）木屑、麩皮、米糠等先過篩（孔眼6～8毫米×6～8毫米），後拌料裝袋；（3）裝料、滅菌、接種、搬運等操作中，采取必要措施，盡量減少破損；（4）嚴格挑選菌種，嚴格進行無菌接種；（5）將菌袋培養溫度控制在23～24℃範圍內。
壹般說來，前4點只要思想上重視，操作小心，較易辦到。第五點較難辦到，且關系最大。大多數惡性汙染多由喜歡高溫、高濕的紅色面包黴（鏈孢黴）、木黴等汙染菌袋所致。為此，宜將菌種培養室選在較涼爽的場所。在此基礎上，再在高溫（≥28℃）即至時進行人工降溫（室內放冰磚、安裝空調等），抑制雜菌發生為害。在雜菌零星發生時，應及時處理，將損失控制在最低程度。