生大豆含有抗營養吸收物質，如胰蛋白酶抑制劑、脂肪氧合酶和凝集素。生吃會中毒，輕微的內中毒會影響體內營養的吸收；嚴重中毒很可能引起腹痛、腹瀉、嘔吐，甚至慢性腸胃炎。如果要喝涼豆漿，要先煮開，然後放在室溫下。切記不要直接喝生豆漿，省事。
很多人認為“豆漿和牛奶不能壹起吃”。我們前面解釋過，牛奶和豆漿壹起喝是安全的。還有人認為“豆漿和雞蛋不能壹起吃”，因為大豆中含有的胰蛋白酶抑制劑可以抑制雞蛋或牛奶中蛋白質的消化吸收。其實這種說法已經被反駁了，因為豆漿中含有的胰蛋白酶抑制劑已經被破壞，失活，不再起作用，可以和雞蛋壹起吃。事實上，飲食是不科學的。請隨便吃點東西，喝點飲料。
豆漿的鈣含量只有牛奶的十分之壹，如果是為了補鈣，建議多喝牛奶。豆奶含有植物保健成分，如大豆多糖和大豆異黃酮。，有助於預防慢性病。豆漿還含有維生素E和不飽和脂肪酸，但不含膽固醇。
豆奶中含有壹些抗營養因子，如胰蛋白酶抑制劑，可能會引起腹脹、腹痛和腹瀉。但這些抗營養因素在充分加熱後是可以消除的。做豆漿的時候，腎友要先用大火煮，再用小火煮5分鐘，這樣可以破壞這些有害物質，所以不要喝沒煮熟的豆漿。此外，有些人對大豆過敏，導致不舒服的反應。這樣他們就不用吃豆制品了，可以用其他食物來補充:肉、蛋、奶。