疾病往往起源於較低的葉子。番茄早疫病是壹種常見的番茄病害，在番茄苗期至中後期均可發生。壹般在濕度大，植物抗病能力弱的時候容易發生。發生後可危害番茄的葉、莖和果實，甚至導致色斑，有時伴有少許白色黴菌，然後逐漸形成同心環狀斑點，逐漸變成深褐色，皮下果肉也變成褐色。濕度大時，病害長出白黴，病果保持完整，不軟化，易脫落。葉片感染後在水中生長腐爛，空氣濕度大時病斑上出現白色黴層。
莖上的病斑被水浸泡，呈褐色，凹陷腐爛。導致植物枯萎。果實易感病，初為油狀深綠色，後為褐色，凹陷，有不規則雲紋，果實不變軟，呈黃色暈圈狀，中間有同心環，環面呈毛刺狀凹凸不平。莖部病害，多為褐色至暗褐色不規則圓形或橢圓形病害，表面灰黑色黴菌。葉柄受損，有橢圓形輪紋斑點，深褐色或黑色。壹般來說，由於靜脈限制，病斑呈多邊形。隨著病情的發展，病枝和病葉的顏色逐漸變為黃綠色或褐色。在潮濕環境的影響下，葉背的病斑上會長出紫綠色或黑色的黴斑。這些黴層是病毒的繁殖，高溫幹旱蚜蟲多，有利於發病。在生長和後期，春番茄發病較多，但危害不嚴重，夏番茄發病較多，是夏番茄生產的主要障礙。