甲魚不僅味道鮮美，甲魚肉富含高蛋白，低脂肪，還含有維生素B1、維生素B2、葉酸等多種維生素和礦物質以及動物膠、角蛋白等物質，營養價值極高。甲魚的脂肪以不飽和脂肪酸為主。而且甲魚肉具有雞、鹿、牛、羊、豬5種肉的美味，故素有“美食五味肉”的美稱。
甲魚營養豐富, 富含蛋白質、脂肪、維生素和多種人體必需的微量元素,不僅有利於肺結核、貧血等多種病患的恢復, 還能降低血中膽固醇, 對高血壓病、冠心病患者有益。此外,甲魚肉及其提取物能有效地預防和抑制肝癌、胃癌、急性淋巴性白血病如果有少氣懶言、中氣不足、全身疲倦乏力、易出汗，頭暈心悸、面色萎黃、食欲不振，虛熱，做事老是打不起精神等，可以選用甲魚，同時可以選用人參、黨參、白術、黃芪等，進行補益調中。腹滿厭食、大便溏泄、脾胃虛寒者不宜吃甲魚，因泄瀉的病因有飲食所傷、情誌不舒、脾胃虛弱、脾腎陽虛、中氣下陷幾種，而治療泄瀉在飲食上要註意忌吃甜、冷、肥膩的食物，由於甲魚含高蛋白質和脂肪，所以不能食用，以免吃後引發胃腸不適等癥或產生其他副作用。
甲魚的肉質鮮嫩味美，營養豐富， 並含有蛋白質、礦物質元素以及多種不飽和脂肪酸等營養物質，因此適當的食用對身體還是具有壹定好處的。，但對甲魚不行，靠近四條腿的地方有類似白色或泛黃的油塊，那是淋巴不是肉還很臭，徹底清除。收拾好了還不能下鍋，還要把它燙壹下去表皮的黑膜，跟去魷魚的黑膜類似。水燒到冒小泡。
失眠、孕婦及產後泄瀉也不宜食用。雖然它具有滋陰益腎的功效，但是甲魚性味鹹寒，有著較強的通血絡、散瘀塊作用，因而有壹定墮胎之弊，尤其是鱉甲的墮胎之力比鱉肉更強。