黑木耳可以溶解、融化不消化的毛發、谷殼、木屑、沙子、金屬屑等異物。為了預防和治療各種異物引起的腸胃不適或疾病，宜經常食用壹些黑木耳，尤其是從事美發、采礦、粉塵、鋸割、修理、護路等工作的人。
黑木耳對膽結石、腎結石、膀胱結石、糞石等內源性異物也有顯著的溶解作用。黑木耳中所含的發酵和植物生物堿具有促進消化道和泌尿道各種腺體分泌的特性，並與這些分泌物協同催化結石，潤滑管道，排出結石。
同時，黑木耳還含有多種礦物質，能對各種結石產生強烈的化學反應，剝離、分化、侵蝕結石，使結石縮小排出。對於初期結石，每日服用黑木耳1~2次，2~4天可緩解疼痛、惡心等癥狀，10天左右結石可消失。對於較大、較強的結石，效果較差，但如果長期吃黑木耳，有些人的結石會逐漸變小、破碎並排出體外。經常吃黑木耳還可以預防血栓等疾病。
黑木耳營養豐富，制作簡單，是公認的美味佳肴。但是，多吃無益。據《本草》記載:“木耳盛產於濕地朽木，味甘，性平，微毒。生有槐樹、桑樹者為上品，生有楓樹者不可食用。紅色養的有毒，變色、夜間有光、無蟲腐爛的也有毒。”中醫認為，由於黑木耳屬濕，生於朽木，故有腎衰竭之害。精是生命之源，精衰是源泉；腎為先天之本，腎衰竭為先天之本。所以黑木耳壹定要吃，但是不能多吃，尤其是孕婦和小孩。