關於其制作方式的確切起源，現已無從稽考，但有兩種民間傳說可供參考。
第壹種，南宋時期，“西湖歌舞幾時休”的臨安禦苑，創設了壹種名為“魚膾”的食品。這後面還有壹個傳奇故事：皇上極喜吃魚，幾乎每餐必備，而壹旦被魚骨鯁住喉嚨就會把廚師砍頭，為此，禦廚們都提心吊膽，惶惶不可終日。壹日，有壹位老廚師想到伴君如伴虎，皇上如此難伺候，心中頓生怒氣，便對著幾條魚發起火來，他拿起刀，用刀背對魚猛剁，突然看到魚肉和魚骨分離出來，靈機壹動：“有了”，便用小刀把魚肉刮出來，放在砧上猛力摔打，形成糊狀，摻入蛋清、調料，搓成壹顆顆魚球，放到水中蒸煮，撈起盛盤上桌。皇上壹嘗之下，味美異常，又無骨刺，贊不絕口，重賞了這名廚師，並吩咐以後每天都要上這道菜。“魚膾”的制作方式和形態都極像今天的“達濠魚丸”，大約是臨安禦廚為避戰亂南遷，而在盛產海魚的達濠創制而成。
另壹種說法是，清順治年間，達濠馬窖人邱輝為反抗清政府的“斥地”政策，聚眾起義、攻城略地，威震東南沿海，後投民族英雄鄭成功麾下，封忠勇伯，成為鄭的重要部將，據守達濠10年之久。邱輝對母親非常孝順，因其母雙目失明，進食不便，偏又極喜食魚，邱輝便命廚子刮取鮮馬膠魚肉，拍打成粘糊狀，制成魚球，蒸煮供其母食用。因所制的魚丸味道鮮美，且極其爽口，邱輝還經常用來宴客酬賓。鄭經巡視達濠品嘗魚丸之後，贊賞不已，譽為“天南奇珍”。後來，邱輝部敗退臺灣，其制作方式也帶到寶島，今日的“臺灣魚丸”即得其傳。這就是“達濠魚丸”誕生的文化歷史背景。