首先，小茴香經常用於胃痛的治療。現代人有胃病的不少，生活壓力大，吃飯不規律等等都是罪魁禍首。臨床常見壹種寒性的胃痛，不能吃冷東西，嚴重的可能吃置於常溫的食物都不行，萬壹吃了冷的會出現腹瀉的情況，並且這種胃痛通常喜溫喜按，用熱水袋捂著或者用艾灸熏過可以緩解。這樣的胃痛就是小茴香的適應癥，可以將小茴香入方藥，也能單味研末沖服。
第二，小茴香常用於痛經的治療。痛經是常見的月經病，臨床以寒性痛經為多見，疼的嚴重會有汗出肢冷、惡心欲吐或者牽連頭痛的情況，往往也是得溫則舒。臨床多用溫經湯加減，常加小茴香，既能散寒又能止痛。
第三，小茴香常用於疝氣的治療。金代醫家李東垣有壹張名方——天臺烏藥散，就是小茴香、烏藥、木香、高良姜、青皮等藥物組成的，常用於治療氣滯寒凝的小腸疝氣。
其實小茴香的臨床應用遠遠不止上文提到的三種，還可以用來治療腎虛腰痛、脅下疼痛、嘔吐泄瀉、睪丸偏墜等疾病。總體來說，以寒證為主，《醫林纂要》有言：“茴香，大補命門，而聖達於膻中之上，命門火固，則脾胃能化水谷而氣血生，諸寒皆散矣。”
但凡藥物都是有偏性的，有適應的病癥就有不適應的病癥。 壹般而言，陰虛火旺者就要慎用小茴香了 ，如若用反，不僅不能治病，還會致病。