本條例所稱水源保護，是指為涵養水資源、調節水文條件、增強生態系統涵養水源能力、改善水環境質量而實施的植被恢復、水土保持、汙染防治等活動。第三條水源涵養功能區保護應當遵循統籌規劃、保護優先、因地制宜、綜合治理的原則，堅持政府主導與社會參與相結合、整體優化與重點管理相結合、生態保護與民生保障相結合的機制。第四條市、縣人民政府應當依法組織編制水源保護區保護規劃，並與國民經濟和社會發展規劃、土地利用總體規劃、城鄉總體規劃、環境保護規劃相協調。
水源保護功能區保護規劃應當報同級人民代表大會常務委員會和上壹級人民政府備案。第五條市、縣人民政府負責組織協調水源保護功能區的保護工作，政府有關部門根據各自職責負責水源保護功能區的保護工作。
鄉(鎮)人民政府、街道辦事處在上級人民政府的領導下，組織水源保護功能區的保護工作。第六條市、縣兩級人民政府應當將水源保護功能區保護所需經費納入年度財政預算。第七條各級人民政府應當加強節約用水法律、法規和相關知識的宣傳教育，引導群眾積極參與節約和保護用水。
報紙、廣播、電視、網絡等媒體應當加大宣傳力度，加強對水資源節約和保護的輿論監督。第八條各級人民政府應當對節約和保護水資源做出顯著成績的單位和個人給予獎勵。第二章涵養保護第九條對本行政區域內影響水源涵養的重要生態功能區和生態環境敏感脆弱區，應當劃定生態保護紅線，予以特殊保護。嚴禁不符合水源保護功能定位的各類開發建設活動。第十條各級人民政府應當堅持適林、宜地、適樹的原則，植樹造林，護林防災，加大森林植被保護力度，擴大森林覆蓋面積。
宜林荒山荒地要采取封閉措施保護，恢復植被，提高林地涵養水源能力。
組織群眾開展植樹造林活動，增強生態環境保護意識。第十壹條市、縣人民政府應當劃定和保護基本草原，嚴守草原生態紅線。堅持退耕還草、退牧還草，實行草原禁牧、休牧和輪牧制度。
對具有特殊生態功能、適宜畜牧業生產的天然草地和人工草地，應當采取圍欄等措施予以保護。第十二條在依法劃定為旅遊區的草原上，除許可的旅遊項目和活動外，禁止下列行為:
(壹)未經批準新建、擴建旅遊設施和項目的；
(二)超出旅遊規定的範圍和路線，碾壓、踐踏等破壞草原生態的行為；
(三)野營、野餐等行為；
(四)其他破壞草原生態的行為。第十三條市、縣級人民政府應當對未利用地進行統壹規劃管理，實施封育和植被維護。
市、縣級人民政府自然資源主管部門負責未利用地的保護和管理。第十四條禁止在二十五度以上陡坡地、大中型水庫周邊集水區二十度以上陡坡地和沙化地區種植農作物。已經耕種的，應當按照國家有關規定退耕還林還草。
在25度以下的坡耕地上種植農作物的，鄉(鎮)人民政府應當組織群眾有計劃地進行坡面整治、蓄水保土耕作、梯田或者退耕。第十五條市、縣級人民政府應當建立取水總量控制指標體系，制定水庫和主要河流的水量分配方案和具體控制措施，嚴格執行水資源管理和用水總量控制制度。
禁止在禁止開采地下水的區域內取用地下水；在地下水限制開采區內，禁止新增使用地下水的建設項目；市政供水管網覆蓋範圍內，未經批準的自備井壹律關閉。
科學規劃和有計劃地開發地熱水和礦泉水資源，嚴格控制開采總量。第十六條從事地下勘探、開采、建設工程和地下空間開發利用的工程排水，應當采取措施充分利用，不得隨意排放。第十七條市、縣人民政府應當制定和完善促進節約用水的政策措施，推廣節水技術、工藝、設備和產品，提高水的重復利用率，鼓勵再生水的開發利用。第十八條市、縣人民政府應當采取有效措施，保證河流交匯處的地表水環境質量不低於國家和省規定的標準。