當菌絲體與宿主細胞壁或原生質接觸時，由於滲透壓，營養物質進入菌絲體。某些真菌如活體營養生物侵入宿主後，菌絲在宿主細胞內形成吸收營養物質的特殊機制，稱為吸器。吸器的形狀因種而異，如白粉菌吸器為掌狀，黴為絲狀，銹為指狀，白銹為球狀。壹些真菌的菌絲體生長到壹定階段，可以形成松散或緊密的組織。苗絲的組織主要包括菌核、基質和根莖。核盤菌是由緊密交織的菌絲形成的休眠體。內層為稀疏組織，外層為準薄壁組織。表皮細胞壁厚、暗、硬。菌核的功能主要是抵禦不良環境。然而，當條件適宜時，菌核可以萌發產生新的營養菌絲或由其形成新的繁殖體。菌核的形狀和大小變化很大，通常像綠豆、鼠糞或不規則。基質是由菌絲交織在寄主表面或表皮下形成的席狀結構，有時與寄主組織結合在壹起。底座的主要功能是形成用於保持孩子的機構，但是它也具有克服惡劣環境的功能。珠柄是由平行的菌絲體組成的長的繩狀結構，其形狀與植物的根有些相似，所以也叫根莖。菌繩可以抵抗惡劣環境，幫助細菌在基質上傳播。
壹些真菌的菌絲或孢子中的壹些細胞膨脹變圓，原生質濃縮，細胞壁加厚形成厚垣孢子。能抵禦不良環境，條件適宜時萌發成菌絲體。