本辦法所稱水產苗種，是指用於水產養殖、養殖(養殖)生產、科學研究和觀賞的水生動植物的親體、幼體、幼體、受精卵、孢子及其遺傳育種材料。第三條水產苗種管理應當堅持保護與開發並重的原則，維護生物多樣性，積極開發名優水產品種。第四條省漁業行政主管部門主管全省水產種質資源和水產苗種管理工作。縣級以上漁業行政主管部門負責本行政區域內水產種質資源和水產苗種的管理工作，具體行政執法工作由其所屬的漁政監督管理機構負責。
工商、質量技術監督、海關、出入境檢驗檢疫等有關部門應當根據各自職責，做好水產苗種管理工作。第五條縣級以上人民政府應當根據漁業種質資源狀況和我省水產事業發展的需要，制定漁業種質資源保護、開發和利用規劃，在重點水域劃定壹定的魚類繁殖場區域，予以優先保護，並在繁殖期實行禁漁期制度。第六條縣級以上人民政府應當加強水產良種體系建設，設立專項資金，支持水產原種場、良種場建設和養殖親本升級。
鼓勵單位或者個人進行優良水產品的選育、技術開發和推廣。第七條漁業行政主管部門應當組織科研、教學和生產單位有計劃地選育和培育優良新水產品種，建立優良新水產品種繁育示範基地，積極指導優良新水產品種的利用，提供技術咨詢，制定並定期公布適宜在本地區推廣的優良水產品種目錄。第八條漁業行政主管部門應當加強水產苗種病害監測，建立預報系統，組織水產苗種病害檢疫，制定水產苗種病害防治應急預案。發現重大水產苗種病害的，應當及時報告，並按照有關規定通報有關部門，防止水產苗種病害的傳播和蔓延。第九條省漁業行政主管部門應當根據水產養殖生產發展的需要、自然條件和種質資源特點，合理布局和建設水產原種場和良種場。第十條從外省引進水產新品種，人工雜交培育新個體，必須盡量飼養壹個以上的養殖周期。經農業部水產原審定委員會審定，適宜在我省養殖的，經省級漁業行政主管部門公告後，方可推廣。
從國外引進水產新品種、人工雜交培育新個體和利用基因工程技術培育新個體，應當遵守國家有關規定。第十壹條用於雜交生產商品水產苗種的親本必須是純系群體。可育的水生雜種不得作為親本進行繁殖。繁殖可育水生雜種個體和通過生物技術改變遺傳性狀的個體及其後代，必須在其場所建立嚴格的隔離和防逃措施，禁止放入江河、湖泊、池塘、水庫等自然水域。第十二條水產苗種生產實行許可制度。水產苗種生產許可由縣級以上漁業行政主管部門分級實施: (壹)水產原種場、良種場由省級漁業行政主管部門許可；(二)良種場，按屬地管理原則，由當地縣級漁業行政主管部門提出初審意見，市、州漁業行政主管部門許可；(三)漁業生產者自行養殖自用不需要申請許可證。
水產苗種生產許可證由省漁業行政主管部門統壹印制。第十三條申請水產苗種生產許可證的單位和個人，應當符合下列條件: (壹)生產區域應當有面積不少於4公頃的固定生產場地，符合養殖規劃要求，取得養殖許可證，生態環境良好，水量豐富，符合無公害食品淡水養殖水質標準，建立完善的生產設施。(2)用於育種的親本質量符合種質標準，來源明確，有記錄數據，親本質量應符合行業或省級種質標準要求。沒有行業或省級種質標準的，應制定相應的企業標準。草魚、鰱魚、鱅魚、團頭魴(武昌魚)、長吻鮠、黃顙魚、斑點叉尾鮰等“四大家魚”的繁殖親本必須來自國家和省級水產資源和良種場，或經省級漁業行政主管部門批準來自長江。(三)水產苗種生產的條件和設施應當符合水產苗種生產技術操作規程的要求。(四)應配備具有相應技術資格證書(技術職稱證書或職業資格證書)的1-2水產專業技術人員。(五)水產苗種場的親體質量必須符合省級漁業行政主管部門的規定。