在氣功理論中，以氣為本的論點貫穿始終，在功法練習中，也強調增強元氣鞏固基礎的指導點。那麽，氣功是通過什麽機制實現滋養元氣的功能的呢？“蘇文？上古無邪論指出:無所淡然，真氣隨之；保持精神在裏面，遠離疾病。這是對氣功養氣機理的精辟論述和總結。中醫把精、氣、神作為人體的內因，壹般反映人體的功能狀態。氣功是壹種集筋、骨、皮與精、氣、神於壹體的自我鍛煉養生法。精氣包括先天腎精和後天谷精兩部分，通過肺、心、脾等器官作用於全身，保證人體生長、發育、生殖等生理活動的實現。氣功對精氣有明顯的影響和作用。只要練習得當，持之以恒，無論是先天之精還是後天之精，都會得到強化和豐富。
男性患者遺精、早泄、精液冷、精液稀薄，女性患者帶下、崩漏、月經過多、
病理性閉經等現象屬於精氣的病理範圍，這些病理現象通過練習可以得到不同的效果，這就是氣功對陰精起作用的證據。對於消化不良和營養不良的患者，通過氣功心腎相交的方法，腎陽為秘，脾陽得腎而健，胃陰得腎水而潤，從而使胃腑和健善於納腐，脾運化而脈微，臨床表現為食欲大增，食量增多。消化腺分泌旺盛，合成代謝加強，營養狀況改善，都是氣功在水谷經中發揮作用的證據。以上是氣功對後天精氣的表現。氣功也有利於先天精氣。先天精氣藏於腎，氣功意在藏命於腹之法，是富精水之術。先天之精取決於後天之精的培育。通過吸捏運動，無欲修煉，陰精自然豐澀，腎中精氣由陰精滋養，使之更強更益，元精精實，元氣自足。這是練精氣的必然趨勢。顯然，氣功的養精固水作用，就是氣功養元氣的機理。練元氣後，能更好地激發和促進臟腑正常有效的生理活動，對維護身體健康有重要意義。此外還能進壹步起到練氣養神的作用。上帝，包括先天的上帝和後天的知識。申遠在先天活力上是生化的，認識上帝在後天本質上是生化的。元神和知神都來源於物質，都反作用於物質。“蘇文？化精為氣論講的是:得氣者昌，失氣者亡，指出了神在生命活動中的重要性，這是氣功培養元氣的另壹個重要意義。
調整陰陽
通過實驗研究和臨床觀察，也證實了氣功對陰陽平衡的調節影響是普遍存在的。中醫認為，形和精可以轉化為功能，這是陽出於陰的正常生理現象，但當機體過於活躍時，可以使形和精消耗。氣功鍛煉進入安靜狀態後，交感神經興奮強度減弱，氣體代謝減少，高反應性得到糾正，多動癥狀得到調整，這些都是氣功抑陽扶陰作用的具體表現。根據腎虛理論，觀察到腎陽虛患者練功後肢體由寒轉暖，尿酮類固醇恢復正常水平，血漿三磷酸腺苷。環磷酸腺苷含量增加，白細胞吞噬功能增強，都是氣功壯陽作用的表現。氣功調節陰陽動態平衡的功能是通過抑動扶弱的雙重調制作用來實現的，表現在不同的層面上。這就是氣功治療保健的機理。
3.疏通經絡，調理氣血
氣功的治病保健作用是通過疏通經絡來實現的。臨床上觀察到，經絡阻塞、氣血失調患者的四肢兩側經絡測量值不等或相差很大；練完之後，所有虛弱的氣血都可以通過練習得到不同程度的增強。在練習過程中還觀察到經絡感應明顯，內氣循任督等絡脈運行，這些都是氣功疏通經絡功能的具體表現。