目前牡蠣養殖有兩種方式:全人工育苗和半人工采苗。
全人工育苗的操作過程包括:親貝暫養催熟、采卵、孵化和選擇、投餵和幼體培育、制作、處理和投放附著基、幼貝出池。半人工采苗的操作流程包括:采苗場的選擇、親貝性腺發育檢查、浮遊幼體的采集和調查、附著基的制作、處理和釋放。
(2)育種方法
1.筏式養殖
選擇潮流平穩、餌料豐富、風浪平靜、水深以上的海域作為牡蠣筏形繁殖場。近江牡蠣應選在鹽度低的河口附近；大連灣牡蠣應選擇遠離河口的高鹽度海域。有兩種主要的發展方式:
1.掛繩養殖:適用於以貝殼為固定底座的牡蠣，有兩種養殖方式:壹種是將固定牡蠣苗的貝殼用繩子串聯起來，中間用竹筒隔開10厘米左右，掛在筏架上。
(2)網箱養殖:扇貝網網箱養殖。將無錨牡蠣苗或固定在貝殼上的牡蠣苗與貝殼壹起放入扇貝網箱中，掛在浮筏上。壹般筏式養殖牡蠣苗每畝10萬只，用貝殼做采苗器，每畝可吊貝殼1萬只左右。
二、灘塗播種和養殖
(1)選址:灘塗播種養殖應選擇波浪小、潮流平緩、無汙染的內灣，沙質灘塗或泥灘適宜作為底質。潮間帶應選在中潮帶的下部和低潮帶附近。
二、播種方法:
落潮播種:退潮後在沙灘上的甘露播種。播種幼苗前，應平整灘面，或在播種幼苗前築成床狀基。幹潮播種苗應盡量掌握播種苗後的漲潮，以縮短牡蠣苗暴露在空氣中的時間，避免中午在太陽下播種苗。
水播種苗:漲潮後用船播種苗。播種幼苗前，將沙灘剪成條狀，插上竹竿、木桿等。作為標誌，並在漲潮後用鏟子將牡蠣苗撒在船上。由於牡蠣苗的分布無法直接觀察到，所以帶水播種苗往往不均勻。根據海灘質量，播種密度應適當。
第三，牡蠣和蝦的混合養殖
明確，場地布置:牡蠣苗放養前，要徹底清淤，用推土機等工具將牡蠣苗播撒的池塘底部平整壓實，使其略呈凸狀，略高於周圍底面，防止牡蠣苗下沈。
第四，扔石頭搞水產養殖
用作牡蠣苗采摘器的石頭現在變成了牡蠣養殖設備。生長期短的貝殼可在采苗場原位培育；生長期長的河附近的牡蠣要搬到養殖場養殖。栽培方式主要有星空、梅花、行列式。
5.竹子栽培
采用插竹采苗的方法，將采集到的牡蠣苗就地疏栽。培育時，牡蠣竹有兩種排列方式:
7.立石文化
在中潮區用立石法采苗後，只要苗量合適，就可以讓其自然生長，不需要任何管理，直到收獲。這種方法主要用於養殖褶牡蠣。