首先，乳酸菌飲料中含有的乳酸菌較少，被人體攝入後會被胃酸破壞，進而失去活性。喝乳酸菌飲料時，只有極少量的乳酸菌能到達腸道，但此時能起到的作用微乎其微。在補充乳酸菌等益生菌時，通常需要使用特殊的益生菌，不僅對胃酸的抵抗力更好，而且數量也足夠。
其次，乳酸菌飲料的主要成分並不是乳酸菌，只是添加了少量的乳酸菌。乳酸菌飲料的主要成分仍然是水、糖、甜味劑，以及少量的牛奶、果汁或谷物。這種乳酸菌飲料本身含有大量的糖分和食品添加劑，蛋白質、維生素、微量元素等有益成分很少，不能歸為健康食品。
乳酸菌飲料本質上是壹種甜味飲料。經常飲用乳酸菌飲料，不僅會阻礙正常的腸胃消化節律，還會誘發與糖代謝有關的問題。很多孩子喜歡喝酸酸甜甜的乳酸菌飲料，對口腔健康和腸胃健康都不好，而且壹旦沈迷於乳酸菌飲料的味道，很容易幹擾晚餐的食欲。
需要註意的是，乳酸菌飲料不等於酸奶。酸奶是用牛奶發酵而成，主要成分是牛奶，而乳酸菌飲料的牛奶含量很低，大多是水。品質較好的酸奶通常添加劑較少，牛奶的比例和乳酸菌的含量也合適，能在壹定程度上促進消化。
乳酸菌飲料之所以成為人們印象中的壹種健康食品，與商家的過度宣傳有關。選購商品時，要註意食品配料表和營養成分表。對於喜歡喝乳酸菌飲料的孩子，要盡量糾正，以免影響營養狀況。如果孩子真的喜歡這種口味，可以用品質更好的酸奶代替，或者用純牛奶、鮮榨果汁等食物做成健康飲品。