協助局領導組織綜合調研，管理機關事務；協助局領導綜合協調機關各部門的工作關系，監督各部門的業務工作；制定機關各項工作制度，起草有關文件和報告；負責衛生信息的收集整理、會議組織、文電處理、保密、檔案、信訪、安全等機關行政事務管理；協助相關業務部門貫徹執行衛生法律、法規、規章及相關規定；監督檢查依法行政的實施和相關行政訴訟的承辦情況。
二)人事科
研究制定全市衛生人才發展規劃，會同有關部門制定全市衛生專業技術人員崗位設置計劃；負責衛生專業技術隊伍的管理；負責局機關及直屬單位機構設置、勞動工資、幹部考核任用、人員調配使用等人事工作。
⑶規劃和財務科
編制全市衛生事業發展規劃，制定衛生經濟管理辦法，並檢查監督實施；統籌協調全市衛生資源配置；負責市級醫療衛生單位基本建設和市級醫療衛生單位國有資產及全市專項衛生投資的監督管理；會同有關部門提出衛生服務價格建議；組織制定全市衛生裝備標準，制定衛生財務管理規定並監督實施；協調管理國外衛生貸款，承擔衛生統計和信息咨詢。
(4)初級保健和婦幼保健科
擬訂農村衛生、社區衛生服務和婦女兒童保健的工作規劃、政策和措施並組織實施；指導基層衛生組織建設和初級衛生保健規劃的實施；組織和指導嚴重危害婦女兒童健康疾病的防治工作；貫徹執行《母嬰保健法》等法律法規，負責母嬰保健專項技術服務許可和人員資質的審批；負責優生優育、質量監督和業務指導。
(5)醫務管理部
貫徹落實全市醫技人員的職業標準，各級各類醫療機構的管理規定和服務規範；負責全市各級各類醫療機構改革、業務技術指導、醫療機構評估驗證、醫療事故糾紛調解處理，制定全市中醫藥發展規劃和工作計劃，負責全市中醫醫院、中西醫結合醫療機構和綜合醫院中醫科的宏觀管理；制定並組織實施中醫藥醫療科研發展計劃，調解和處理醫療事故糾紛；做好全市中醫藥信息的收集和統計工作，組織全市中醫藥對外交流和中西醫結合工作；制定醫學科技教育發展規劃和計劃並組織實施；負責科技信息、科研項目、學術交流、科技成果鑒定、推廣應用；指導全市中等衛生學校的招生教育和管理工作，監督和指導行業內的社會辦學。
(6)疾病預防控制辦公室(地方病領導小組辦公室、愛國衛生運動委員會辦公室)
貫徹執行《傳染病防治法》等法律法規，擬定傳染病、地方病、職業病、慢性非傳染性疾病和其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和措施，制定疾病防治規章制度，並組織實施；開展疾病監督監測，完善疫情報告和分析系統；遇有自然災害和重大疫情時，會同有關部門采取措施控制疾病的發生和流行；組織健康教育，實施計劃免疫。
貫徹省、市地方病防治的方針、政策，研究制定我市血吸蟲病等地方病防治的規劃、計劃和方案，並監督實施；檢查和考核防控工作責任目標管理的實施情況；重點發展血吸蟲病和部分要限期消滅的地方病；協調農業、林業、水務等部門整治滅螺和牛畜排查治理，承擔市地方病領導小組的日常工作。
負責貫徹落實中央、省、市關於開展愛國衛生運動、創建衛生城市和衛生村鎮的方針、政策和規定；結合本地實際，制定全市愛國衛生工作和創建工作規劃、計劃和責任管理目標，組織開展城鄉社會公共衛生管理和群眾性社會衛生監督活動；負責檢查、監督、協調和指導全市愛國衛生工作；開展愛國衛生宣傳和健康教育活動，推進“九億農民健康促進行動”；組織實施農村改水改廁，改善環境衛生條件；組織開展城鄉除“四害”活動，控制和減少蟲媒、鼠媒疾病；承擔愛國衛生運動委員會的日常工作。
(七)市衛生委員會辦公室。
負責制定公共衛生保健規劃和年度計劃，研究和宣傳衛生保健知識；負責市衛生委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責賴藝高層領導、外賓、華僑的醫療保健工作；負責全市各級醫務幹部門診和病房的管理和業務指導，開展以預防為主的中老年人健康知識宣傳工作；承擔市衛生委員會的日常工作。
(八)局直屬機關黨委
負責宣傳貫徹黨的路線、方針、政策和上級黨組織的決議；制定和實施機關及直屬單位黨員教育培訓計劃，負責基層黨組織換屆選舉和換屆工作，組織開展民主評議和黨組織評議；指導基層黨組織開展組織生活，做好黨員幹部管理工作，監督民主集中制原則的貫徹落實；負責機關及直屬單位黨組織的管理工作。
(9)監理辦公室
監督局機關及其工作人員和局機關任命的其他工作人員遵守和執行國家法律、法規和上級政府決定的情況，受理對本局行政機關、國家公務員和局機關任命的其他人員行政違法行為的投訴和舉報；查處局機關、國家公務員和局機關任命的其他人員違反行政紀律的行為；受理國家公務員和我局任命的其他人員對主管行政機關給予的行政處分的申訴，以及法律、法規規定由監察機關履行的其他職責。
(10)工會
建立健全職工代表大會制度，指導和幫助基層單位落實職工代表大會選舉和換屆等各項職能，發揮工會民主參與和監督作用，履行維權職能。關心衛生系統廣大職工的生活，協助和督促基層單位行政領導做好職工集體福利工作。開展員工互助活動，協助發放員工生活困難補助，配合有關方面做好女員工特殊保護工作。我們將舉辦工人專業技能、醫學論文水平、科研項目申請等競賽。，促進職工不斷提高業務素質和專業技術水平，組織職工開展多種形式的文化體育活動，豐富職工業余文化生活，促進職工身心健康發展。
(11)團委
13市衛生局直屬單位負責組織。宣傳貫徹上級黨組織的指示和決議，參與民主管理和監督，充分發揮團員的模範作用，團結帶領青年充分發揮突擊隊的作用，積極投身全市衛生改革發展和社會主義現代化建設，為全市衛生事業的政治文明、物質文明和精神文明建設做出貢獻。培養教育適齡青年加入團組織，做好定期發展團員工作，收取管理團費。深入調查研究，指導基層單位組織按章程要求按時換屆，協助局直屬單位黨組織加強各級團幹部的選拔培養和管理。
(12)紅十字會辦公室
根據獨立、平等和相互尊重的原則，開展救災、救護、獻血等人道主義援助活動，並按照紅十字會的基本原則完成人民政府委托的事項。紅十字會辦公室負責處理市紅十字會的日常事務。
(十三)醫學會
開展學術活動、學術交流，舉辦多種形式的學術講座，組織重點學術課題的討論。宣傳和普及醫療衛生知識，提高我市群眾的醫療衛生知識水平。協助評審醫學科技項目、科技成果和專業技術職務。評選獎勵優秀科技成果、學術論文和科普作品，出版醫學期刊。
(13)醫學評估辦公室
醫療事故鑒定委員會是對醫療事故進行技術鑒定的專門機構。收到行政調解或司法訴訟申請後，從專家庫中隨機抽取相關專業專家組成醫療事故技術鑒定委員會。實行必要的病歷公開制度，維護患者的知情權。客觀公正地規範醫療事故鑒定程序。