1，維持正常腸道功能
腸道是人體最大的免疫器官和微生態系統。人體通過胃腸粘膜與外界緩慢相互作用，通過其生長和各種代謝作用，促進腸道菌群的正常化，抑制腸道內腐敗物質的產生，維持腸道功能的正常運行。
2.緩解乳糖不耐癥癥狀，促進消化吸收
乳糖不耐受是指缺乏代謝乳糖的酶。攝入乳制品後，出現腹脹、腹痛等不良反應。全球75%的成年人乳糖酶活性有減弱的跡象，部分亞洲國家超過90%。發現乳酸菌具有半乳糖苷酶活性，能明顯降低乳糖濃度，產生乳酸，有利於人體消化吸收。
3.增強人體免疫力
益生菌進入腸道，壹方面可以在腸道內定植，維持腸道微生物菌群平衡；另壹方面，益生菌可以直接作用於宿主的免疫系統，誘導腸道免疫，刺激胸腺、脾臟等免疫器官，促進巨噬細胞活性，通過增強B、T淋巴細胞對抗原刺激的反應性發揮特異性免疫活性，從而增強機體的免疫功能。
4.預防癌癥和抑制腫瘤生長。
益生菌可以產生壹些抑制腫瘤生長的代謝產物，如多糖、細菌素、乳酸等。它們通過抑制轉化致癌物的酶的產生，激活免疫系統，特別是巨噬細胞、NK細胞和B淋巴細胞的活性，抑制細胞突變，以及降低腸道內的PH值，刺激腸道蠕動，使腸道內的致病毒素和致癌物被排除體外，從而降低致癌的可能性。
5.緩解過敏反應
研究發現，正常人腸道中的益生菌越多，患過敏性疾病的幾率就越小。益生菌可以誘導T細胞產生大量的IL-12，抑制Ig E的產生，有效預防過敏。
6.降低血清膽固醇
益生菌主要通過同化作用降低膽固醇含量，抑制膽固醇合成酶(3-羥基-3-甲基戊二酸CoA還原酶)的活性。在益生菌膽鹽水解酶的作用下，小腸內水解的膽鹽可與食物中的膽固醇沈澱，減少人體對膽固醇的吸收，促進從糞便中排泄。
7.益生菌對肥胖的影響
腸道菌群失調在肥胖的發生發展中起著非常重要的作用。大量實驗證實，通過攝入益生菌可以有效預防肥胖。
①抑制食欲，增加飽腹感:益生菌通過刺激CCK、GLP-1等飽腹因子的釋放，減少胃促生長激素的分泌，從而減少食物攝入量，減輕體重，減少脂肪堆積。②降低膽固醇:益生菌通過同化作用和沈澱作用降低膽固醇的吸收。③腸道菌群的調節:益生菌進入腸道後，失衡的腸道菌群正常化(厚壁菌門數量減少，類桿菌數量增加)，降低了腸道上皮細胞的通透性，降低了循環中LPS的含量，減少了炎癥因子，進壹步提高了胰島素敏感性。
8.益生菌對糖尿病作用的研究發現，糖尿病患者也存在腸道菌群失調。益生菌可以通過調節腸道菌群和有益菌附著在腸道上皮細胞上。益生菌吸收葡萄糖進入細菌，減少宿主的吸收，從而降低血糖水平。另外，如上所述，益生菌可以降低循環中LPS的濃度，減輕炎癥反應，提高胰島素敏感性，改善胰島素抵抗，從而達到預防糖尿病的目的。