住院部由內科壹區(內分泌、呼吸、腎內科、中醫科)、內科二區(神經內科、消化內科、血液腫瘤)、內科三區(綜合病房)、內科四區(心血管)、外科壹區(神經外科、泌尿外科)、外科二區(普外科、心胸外科)、外科三區(骨壹、骨二)。醫院有壹個酒店式住院部，有400個床位。每個病房都配有電視、空調、衛生間、中央供氧，高級病房配有冰箱、電話和沙發。建立了心腎實驗室、基因實驗室、內分泌實驗室等臨床研究基地。
門診部設有急診、內科、外科、婦科、兒科、中醫科、口腔、眼科、耳鼻喉科、針灸理療、美容、皮膚等科室。內科門診設有心血管、內分泌、腎臟疾病、消化系統疾病、神經系統疾病、呼吸系統疾病、風濕病、血液系統疾病、腫瘤等專科。，而外科門診有心胸、腹部、肝膽、泌尿、骨科、肛腸。它還有壹個血液凈化中心和壹個碎石中心。急救專家和訓練有素的急救團隊每天24小時提供急救治療。由於重視人才的培養和引進，倡導科技興醫，專業水平日益提高，搶救成功率達90%以上。在心血管內科、內分泌科、腹部外科、肝膽外科、胸外科、耳鼻喉科、顱腦外科、小兒新生兒科、血液凈化、同種異體骨移植等領域享有較高聲譽，深受患者歡迎。香蜜湖風濕科是深圳市第四人民醫院(福田醫院)國有公立風濕科，廣東醫學院風濕病學研究所，風濕病學研究生培養基地。是壹所集科研、教學、醫療、預防、康復和社區衛生服務為壹體的小型綜合性專科醫院。是深圳市醫學會風濕病學專業委員會成立的深圳市紅斑狼瘡學會和深圳市關節炎學會患者交流活動。
香蜜湖風濕科是華南地區首家規模大、實力強、起點高、水平高的以風濕病綜合治療為特色的專科醫院。醫院對系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎、血管炎、皮肌炎、痛風、強直性脊柱炎、骨關節炎、脊柱關節病、結締組織病、骨質疏松等風濕性免疫疾病的診療技術達到國內先進水平。風濕病住院人數和門診人數在全市遙遙領先且不斷增加。特殊患者數量占專科門診的20%。患者來源主要為區外，其余為市外(13%)、省外(9%)、港澳臺(8%)和國外。現已發展成為具有核心競爭力和服務優勢的知名品牌特色分店。
擁有國家壹流的風濕免疫重點實驗室，設備國際先進，學科齊全，儀器設備先進。風濕科專科床位數居全省第壹。目前，全市唯壹獨立的風濕病學專科實驗室擁有93.93%的國際先進儀器設備，為學科發展提供了堅強後盾。采用美國檢驗試劑和標準，檢驗項目齊全，方法先進，結果可靠。
成立了紅斑狼瘡、關節炎、中西醫結合治療中心，采取康復、理療、理療、藥浴等綜合治療措施。風濕病學專業於2005年通過深圳市衛生局專家鑒定，成為深圳市重點醫學專業。
目前有骨科、創傷外科、普外科、婦科、皮膚科、內科、兒科、耳鼻喉科、口腔科、預防保健、體檢等。每天都有各專科臨床經驗豐富的專家坐診。深圳市第四人民醫院(福田)肛腸分院是目前深圳唯壹的公立肛腸醫院。是廣東醫學院附屬醫院，中山大學教學醫院，陜西中醫學院教學醫院，肛腸外科研究生培養基地。
肛腸科下設三個肛腸專科病房、專科疾病門診、基礎臨床功能檢查中心、肛腸功能檢查中心、專科制劑室、肛腸外科研究室、信息科等相關輔助科室。病房共有72張床位，裝修豪華，明亮幹凈，配有高中檔病房。分公司整體規模較大，技術力量雄厚，設備先進，環境舒適，在國內首屈壹指。
在政府和上級的大力支持下，肛腸科引進設備和人才，加強肛腸外科學科建設。分院擁有經肛門直腸顯微手術系統、直腸內窺鏡系列設備、肛門直腸測壓系統、肛門直腸生物反饋治療系統、手術攝像監控系統、局域網管理系統；由我國著名肛腸外科專家李教授擔任學術帶頭人，建立了國內壹流的學術團隊。建立研究生培養基地，加強臨床研究工作，多項臨床診療技術處於全國領先地位；強化服務理念，完善業務流程，用最好的技術服務廣大肛腸患者。
目前，醫院是國內最大的肛腸外科門戶網站董事長，已成為東南地區獨具特色的中西醫結合現代肛腸外科專科醫院。深圳市福田區人民醫院第三分院是壹所集醫療、教學、預防、康復為壹體的綜合性非營利性國有醫院，是醫保定點醫院。
醫院設有內科、外科、婦科、兒科、皮膚科、過敏反應科、耳鼻喉科、眼科、中醫科、康復理療科、體檢科、預防保健科、上林社康中心、職業健康檢查、藥物維持治療門診，以及檢驗科、放射科、b超室、心電圖室、中藥室、中西藥房等醫技科室。擁有先進的生物共振過敏治療儀、全套數字化電子內窺鏡手術系統、電子胃鏡、電子陰道鏡、自凝刀治療系統、LEEP刀、彩色b超、24小時動態血壓分析系統、24小時動態心電圖分析系統、經顱多普勒腦血流儀(TCD)、全自動生化分析儀、五分類全自動血細胞分析儀、全自動血液流變學儀、全自動血凝儀、全自動化學發光儀、超聲波骨密度儀。能夠與綜合醫院先進的醫療技術和設備實現資源共享，為患者提供及時的專家會診、雙向轉診等服務，能夠很好地滿足周邊居民的基本醫療和公共衛生服務需求。深圳市福田區人民醫院累計開設社區衛生中心21個。各社區衛生中心以健康保健為核心，醫養結合，以社區為服務半徑，立足社區，面向群眾，面向家庭，為社區居民提供健康促進、健康預防、婦幼保健、老年保健、慢性病防治、計劃生育技術指導等六位壹體的社區衛生服務，致力於提高居民的生活質量和整體健康水平。自成立以來，不斷完善“六位壹體”功能，贏得了社區居民的普遍認可，深受社區居民的好評。
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