根據印度神話，阿育吠陀的起源是傳奇的。它是由印度教三大神之壹的梵天創立的，在他創造它之前是為了保護人類。梵天首先把阿育吠陀教導給雙胞胎馬童，醫藥之神，他們又教導給因陀羅，專治雷暴的神。因陀羅被傳授給在地球上修行的智者，他們把它傳給他們的後代和弟子。
在歷史上，阿育吠陀的記錄最早出現在公元前6000年的古印度詩集《梨俱吠陀》中。公元前3000年到公元前2000年，四大吠陀經典之壹的《阿塔婆》問世，其中的《阿育吠陀》作為吠陀經典的補充，附在《阿塔婆吠陀》之後。雖然阿育吠陀醫學應用於實踐由來已久，但直到現在才由口頭傳統編成壹本書，成為壹門獨立的科學。以下是阿育吠陀醫學的八個分支:
1.Kayachikitsa(內科)
2.薩拉卡亞坦陀羅(頭頸外科和治療，眼科和耳鼻喉科)
3.沙拉雅坦陀羅(外科)
4.阿加達·坦陀羅(毒理學)
5.bhuta vidya(精神病學)
6.Kaumarabhritya(兒科)
7.延緩身體衰老的老年學
8.Vajikarana(生育力)
上述八大分支最早的論述出現在阿提耶，至今仍在現實生活中應用。大約在公元前1500年，阿育吠陀醫學分為兩個學派:阿蒂耶，壹個內科學派，和達萬塔裏，壹個外科學派，這使它成為壹門更系統的科學。這兩所學校編纂了兩部主要的阿育吠陀醫學著作——卡拉卡·薩希塔和蘇魯塔·薩希塔。這兩部醫學經典寫於公元前1世紀上半葉。由偉大的印度醫學祖先切諾基撰寫並由阿提耶補充的《切諾基文集》仍然是使用最廣泛的阿育吠陀醫學著作。苗文繼承了印度醫學鼻祖坦凡托利學派的理論。他的《苗文集》收集了各種假肢外科的知識，包括肢體置換手術、整形手術、剖腹手術甚至腦外科手術。同時，他也因發明隆鼻術而聞名。大約在公元500年，第三部重要的阿育吠陀醫學著作《阿斯坦加·赫裏達雅》出版了。它整合了兩個阿育吠陀醫學流派的觀點。從公元500年到公元1900年，16部重要的藥物專著相繼出現，作為阿育吠陀醫學經典的補充，收集和記錄了各種新藥物，擴大了它們的用法，拋棄了區分藥物和物質的舊方法。
有證據表明，阿育吠陀醫學豐富了世界上幾乎所有的醫療體系。通過與印度的海上貿易，埃及人了解了阿育吠陀醫學。亞歷山大大帝的入侵使希臘人和羅馬人接觸到了阿育吠陀。傳統的烏納尼醫學就是在這種交流中形成的。在第壹個千年初期，隨著佛教東傳，阿育吠陀醫學也傳到了東方，並對藏醫和傳統中草藥產生了巨大影響。