按結構分:合成著色劑、天然著色劑。
根據著色劑的溶解度，可分為脂溶性著色劑和水溶性著色劑。
天然著色劑食用天然著色劑主要是指從動植物組織中提取的色素，多為植物色素，包括微生物色素、動物色素和無機色素。大部分來自植物組織，尤其是水果和蔬菜。安全性高，有的還具有營養功能(如β-胡蘿蔔素)。
天然色素的特點:能更好的模仿自然物體的顏色，色調更自然；成本較高；保質期短。著色易受金屬離子、水質、pH值、氧化、光照、溫度的影響，壹般難以分散，可染性差，著色劑之間的相容性差。
按來源可分為植物色素(如葉綠素)、動物色素(如紫膠紅)和微生物色素(如紅曲色素)。此外，它還可以包括壹些無機顏料。按結構可分為葉綠酸、異戊二烯、多酚(花青素)、酮(姜黃素)、醌(紫膠紅)、甜菜紅、焦糖色。
到1998年底，國家批準的食用天然色素有48種:
包括天然β胡蘿蔔素、甜菜紅、姜黃、紅花黃、紫膠紅、橘紅、辣椒紅、辣椒橙、焦糖色(不用氨生產)、焦糖色(用氨生產)、紅米紅、菊花黃提取物、黑豆紅、高粱紅、玉米黃和蘿蔔紅。可可殼色、紅曲米、紅曲紅、葵花紅、黑色蓋侖紅、梔子黃、香根草、沙棘黃、玫瑰茄紅、橡子殼棕、NP紅、推惠科棕、桑葚紅、天然芥末紅、金櫻子棕；姜黃素、花生紅、葡萄皮紅；蘭花紡錘果紅色；藻藍、植物炭黑、濃黃、紫草紅；茶黃色素:茶綠色素、橘色、油樹脂橙(胭脂樹橙/降胭脂樹橙)、胭脂蟲紅、氧化鐵(黑)等。常用的天然著色劑有辣椒紅、甜菜紅、紅曲紅、胭脂蟲紅、高粱紅、葉綠素銅鈉、姜黃、梔子黃、胡蘿蔔素、藻藍蛋白、可可色素、焦糖色素等。合成著色劑合成著色劑的原料主要是化工產品。它主要是壹種化學合成的有機顏料。按化學結構可分為偶氮顏料和非偶氮顏料。
按溶解度可分為油溶性顏料和水溶性顏料。
此外，還有壹種色澱，是由水溶性顏料沈積在許可的不溶性基質上制成的特殊著色劑。可含有不同的純顏料(10 ~ 40%)和水分，不溶於大多數溶劑。
列入我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)的合成色素有胭脂紅、莧菜紅、日落黃、赤蘚紅、檸檬黃、品紅、靛藍、亮藍、二氧化鈦(白色顏料)等。與天然顏料相比，合成顏料顏色更鮮艷，不易褪色，價格也更低。
截止1998，國家批準的合成色素有莧菜紅、莧菜紅鋁色澱、胭脂紅、胭脂紅鋁色澱、赤蘚紅、赤蘚紅鋁色澱、洪欣、洪欣鋁色澱。檸檬黃、檸檬黃鋁色澱、日落黃、日落黃鋁色澱、亮藍；亮藍鋁色澱、靛藍、靛藍鋁色澱、葉綠素銅鈉、B-胡蘿蔔素B-胡蘿蔔素、二氧化鈦、誘惑紅；酸性紅，***21種。我國廣泛使用的合成色素有9種，包括莧菜紅、胭脂紅、新紅、檸檬黃、日落黃、靛藍、亮藍、赤紅、誘惑紅等。
人工色素的特點:顏色鮮艷；多種顏色；性能穩定；著色力強；牢固性強；輕松配色；使用方便；成本低；應用廣泛；但它有壹個很大的缺點，就是有毒(包括毒性、腹瀉、致癌)。這些毒性來源於合成顏料中的砷、鉛、銅、苯酚、苯胺、乙醚、氯化物、硫酸鹽等，對人體會造成不同程度的傷害。特別是偶氮化合物合成色素的致癌作用更為明顯。偶氮化合物在體內可分解形成兩種芳香胺類化合物，在體內代謝活動後與靶細胞相互作用可能致癌。目前國家出臺的相關規定促使食品色素生產者更加嚴格和規範，但用量和使用範圍仍有嚴格限制。
對於孩子來說，正處於生長發育期，內臟器官功能脆弱，神經系統發育不完善，對化學物質敏感。同時，由於兒童的肝臟解毒功能和腎臟排泄功能還不夠完善，消耗了體內大量的解毒物質，幹擾了體內正常的代謝功能，嚴重影響了兒童的生長發育。莧菜紅
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於高糖汁(味)或汁(味)飲料、碳酸飲料、配制酒、糖果、糕點、青梅、山楂制品、腌制配菜，最大用量為0.05g/kg；用於紅綠絲和染色櫻桃(裝飾用)，最大用量為0.10g/kg。
●胭脂紅
根據《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於高糖汁(味)或汁(味)飲料和碳酸飲料、配制酒、有色糖果糕點、青梅山楂制品、腌制配菜，最大用量為0.05g/kg；用於紅綠絲和染色櫻桃(裝飾用)，最大用量為0.10g/kg，豆奶飲料和冰淇淋最大用量為0.025g/kg(殘留量為0.01g/kg)；蝦(調味)片0.05g/kg，糖果包衣0.10g/kg。
●誘惑紅
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於糖果包衣，最大用量為0.085g/kg，用於冰淇淋、炸雞調味料，最大用量為0.07g/kg。
●日落黃
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於高糖果汁(調味)或果汁(調味)飲料、碳酸飲料、配制酒、糖果、糕點、西瓜果醬罐頭、青梅、乳酸菌飲料、植物蛋白飲料、蝦(調味)片。最大劑量為0.60。冰淇淋的最大用量為0.09克/千克。
●檸檬黃
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，高糖果汁(調味)或果汁(調味)飲料、碳酸飲料、配制酒、糖果、糕點、西瓜醬罐頭、青梅、蝦(調味)片、腌制配菜，最大用量可為0.65438。糖果包衣紅綠絲最大用量為0.20g/kg；冰淇淋的最大用量為0.02克/千克；植物飲料和乳酸菌飲料的最大用量為0.05g/kg。
●亮藍色
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於高糖果汁(風味)或果汁(風味)飲料、碳酸飲料、配制酒、糖果、糕點，櫻桃罐頭(用於裝飾，不可食用)為0.10g/kg。冰淇淋的最大用量為0.022克/千克；紅綠絲最大用量為0.10g/kg。
●靛藍
根據我國《食品添加劑使用衛生標準》(GB 2760-1996)，可用於腌制小菜，最大用量為0.01mg/kg；櫻桃罐頭(用於裝飾，不可食用)高糖果汁(調味)或果汁(調味)飲料、碳酸飲料、配制酒、糖果、糕點最大用量為0.10g/kg，0.025g/kg；為青梅及其蝦仁(調味)片；紅綠絲最大用量為0.20克/公斤。