在黃鱔性成熟群體中，較小的個體為雌性，較大的個體以雄性為主。介於兩者之間的個體稱為雌雄同體，這種雌雄同體的性腺組織實際上是壹個動態的過程，功能性雌性轉化為功能性雄性。黃鱔幼體性腺由原始生殖細胞逐漸分化為卵母細胞，黃鱔幼體進入成體，性腺發育為典型的卵巢，有卵母細胞和卵子，再逐漸發育為成熟卵子，決定了首次進入性腺的個體均為雌性黃鱔。雌鰻產卵後，可以明顯發現生殖腺的卵巢部分開始退化，起源於細胞索的精巢組織開始發生，並逐漸分支增多，即生殖腺向雄性化發展，這個階段的鰻魚處於雌雄同體狀態。之後卵巢完全退化消失，而精巢組織充分發育，產生發育良好的精原細胞，直至形成成熟精子。此時，黃鱔個體已經轉化為典型的雄性。此時性腺排泄的是精子而不是卵子，這條鰻魚成為雄性鰻魚後也不會改變，它會作為雄性終生存在。
黃鱔性腺是位於腹腔右側的管狀器官。壹開始都是雌性，發生發展和性反轉的過程如下:
雌性期:卵巢外有壹層連接組織的被膜，是壹個充滿不同形狀、不同大小、不同發育階段的卵母細胞的卵巢腔，卵直徑為0.08 ~ 3.7毫米..
第壹階段:卵巢白色、透明、細長。雞蛋是肉眼看不見的。顯微鏡下可見透明小的卵母細胞，細胞核大，細胞質少，卵徑0.08 ~ 0.12 mm，壹條體長5.9 cm，重0.4 g的幼鰻，解剖後可發現壹個小而透明的卵巢；8.2厘米長的幼鰻卵巢內充滿微小透明的卵母細胞。
II期:該期卵巢比I期略厚，卵巢白色透明。肉眼看不到卵粒，卵巢內充滿透明微小的卵母細胞，卵徑0.13 ~ 0.17 mm，全長小於15 cm的幼鰻卵巢多為ⅱ期。
第三階段:卵巢由白色透明變為淡黃色，肉眼可見卵巢內有許多微小的卵。在解剖顯微鏡下可以清楚地看到圓形或不規則的卵母細胞。許多卵黃顆粒沈積在細胞中。卵徑為0.15 ~ 2.2毫米，同時卵巢內有少量ⅰ、ⅱ期卵母細胞，ⅲ期性腺幼鰻全長為15 ~ 26厘米。
階段四:卵巢明顯粗大，卵母細胞也明顯增大，卵子大小壹致，顏色由淡黃色變為橙色。在解剖顯微鏡下，可以看到卵粒充滿整個卵母細胞，細胞核逐漸向側面移動。卵徑2.2 ~ 3.4毫米，這壹時期的黃鱔全長10 ~ 30厘米，極少數可達40厘米以上。ⅳ期結束時，卵巢長度占鰻鱺體長的44.6 ~ 59.2%，平均為53.2%(從生殖孔至頭部)。
階段五:卵巢大，充滿橙黃色的卵，呈球形。卵徑3.3 ~ 3.7毫米，卵母細胞內充滿致密的卵黃球，細胞核向卵的壹端移動，卵在卵巢內已經遊離。
雌雄同體階段:大部分黃鱔在2齡後開始進入這壹階段，全長24.5 ~ 37厘米，有的可達45厘米以上。這個階段性腺囊增厚，卵巢逐漸退化，精巢逐漸形成。聯運開始時傾向於女性，後期傾向於男性。顯微鏡下有少量小的殘留卵，不會成熟，但逐漸退化吸收，分解成橙色絮狀物。同時，我們也可以看到，生精小管剛剛形成不完全。
雄性階段:大部分黃鱔在3歲或以上為雄性，部分在2歲轉化為雄性。未成熟的睪丸細長，灰白色，表面有色素斑點。顯微鏡下，可以看到生精小管和不活動的精子。成熟的睪丸比以前大，表面有形狀不壹的黑色素條紋。顯微鏡下可見大量活躍的精子。
根據國內外學者對黃鱔性反轉的調查研究，可以總結為:體長小於200 mm的成年黃鱔為雌性；體長220 mm左右的成年人開始反轉；體長在360 ~ 380 mm時，雌雄個體數幾乎相等；380 mm以上，男性居多；530 mm以上，都是男性。然而，這種逆轉也受到環境條件和其他因素的影響。很可能在生物餌料充足的情況下，黃鱔的生長會加速，但在相同的生長期內會有超乎尋常的體長。
環境因素對黃鱔性逆轉的影響
在生產實踐中，經常發現雌鰻個體大，雄鰻個體小，說明誘導黃鱔性逆轉的主要原因有很多。
水溫的影響
水溫的變化直接影響黃鱔生命活動的強度，也影響性腺發育的進程。黃鱔生活的適宜水溫為65438±05 ~ 30℃。當水溫低於15℃或高於30℃時，黃鱔食欲下降，攝食量減少，生長發育受阻。氣溫變化越快，溫差越大，影響越大。當水溫超過35℃或低於10℃或短時溫差大於5℃時，黃鱔性腺發育將停止。
pH值的影響
黃鱔適宜在中性或酸性水中生活。如果池水的pH值大於7，會影響黃鱔的性腺發育。當水池的pH值達到10時，黃鱔就會不耐煩，不吃東西。如果時間達到7 ~ 10天，皮膚就會開始潰爛，很快死亡。因此，新建的水泥池只有在脫堿後才能使用。用生石灰消毒水或換水時，要註意池水pH值的變化。
水深的影響
黃鱔的鰓退化嚴重，在水中僅靠鰓是無法呼吸的，需要借助胸鰭、鰭褶、口腔、咽腔、皮膚等輔助呼吸器官進行呼吸。在自然水中，黃鱔可以直接呼吸空氣中的氧氣，即使水中溶解氧不足，也不會對黃鱔的生長發育產生太大影響。但在磚石池塘裏，如果水太深，鰻柱就會失去支點，無法呼吸空氣中的氧氣。在長期缺氧的情況下，性腺發育過程延長。
聲音和光線的影響
黃鱔夜間潛伏，喜歡生活在安靜的水環境中，因此不適合在夜晚嘈雜光亮的路邊建造黃鱔池。實驗表明，性腺在夜間受到噪聲和閃光的刺激，發育速度緩慢，性成熟延遲。平均體長40厘米的時候，還是雌性。
性別比例的影響
在繁殖季節，純雌性種群會因為缺少雄性鰻魚而提前反轉為雄性。因此，經常發現非常小的雄性鰻魚。
飼養管理的影響
黃鱔主要以動物為食，食性雜。如果餌料質量高、新鮮、均勻、及時，性發育就快。如果餌料質量差，餵食不均勻，不及時，性成熟就會延遲。水質差、換水頻繁或流量大、溫差大都會延緩雌鰻的性成熟。
準確的性別鑒定是黃鱔人工繁殖的關鍵。體長、年齡、季節都不足以作為鑒定的標準，只能參考。鑒定壹般可以從形態學和生理學兩個方面綜合判斷。雌鰻頭小，無凸起，背藍褐色，無斑點，不跳躍，性情溫和。繁殖季節腹部隆起，呈橙色，有紅色橫條紋，離體卵巢輪廓清晰。雄性鰻魚頭上有壹個大突起，背上有斑點。繁殖季節，其腹部不腫大，但有血絲斑紋，生殖口紅腫。輕輕按壓腹部可擠出少量精液。