均質
酸奶的生產過程中對原料乳進行均質是壹個十分重要的步驟(尤其是脂肪含量高的酸奶)。在對乳進行熱處理之前，要對乳進行均質作用，以阻止乳在發酵過程中乳狀液分層現象的發生，均質壓力在10-20MPa之間，均質溫度在55-65℃之間。在均質的過程中，乳脂肪球被破碎成較小的脂肪球，增加了脂肪球的表面積。均質的使用也防止了酸奶在存儲過程中脂肪的分離，減少了乳清的析出，提高了酸奶的勃度。均質後酪蛋白和乳清蛋白在脂肪球的表面形成了壹層新的表面層，其增加了酸奶中各成份間的組織連接的數量
原料乳熱處理
熱處理溫度偏低或時間不夠，就不能使大量乳清蛋白變性，而變性乳清蛋白可與酪蛋白形成復合物，能容納更多的水分，並且具有最小的脫水收縮作用。
防止方法
（1）變性的乳清蛋白質含量>75%
（2）選擇合適的殺菌條件
發酵時間
最常見的乳清析出主要是後發酵產生的，若發酵時間過長，乳酸菌繼續生長繁殖，產酸量不斷增加。酸性的增強破壞了原來已形成的膠體結構，使其容納的水分遊離出來形成乳清上浮。所以控制好發酵時間，發酵完成馬上將產品冷卻，防止後發酵。
發酵時間過短，乳蛋白質的膠體結構還未充分形成，不能包裹乳中原有的水分，也會形成乳清析出。
發酵溫度
發酵溫度對酸奶的微觀結構和物理特性均產生影響。在使用較高的發酵溫度(如42℃)進行發酵的酸奶與低溫(如30℃)發酵的酸奶相比，會降低凝膠時間和存儲模量值。此結果說明，在高溫下形成的凝膠，凝膠較弱，網絡比較粗糙。在低溫下發酵的凝膠形成過程中，蛋白質的聚集現象發生的比較緩慢，但卻形成了大量的蛋白質壹蛋白質鍵，這就減少了顆粒的重排現象。
布氏漏鬥被用於測定攪拌型酸奶的黏度，在低溫下發酵的酸奶的黏度要比高溫下發酵制得的酸奶的黏度高. 將38℃下發酵的酸奶與43℃下發酵的酸奶相比，更加可口，更加細膩。低溫下發酵的攪拌型酸奶的非口感薪度也有所增加。隨著發酵溫度的增加，攪拌型酸奶的入口感和細膩程度有所降低。
防止方法 （1）保證發酵劑的質量
（2）選擇合適的發酵溫度
（3）酸乳發酵時，應抽樣檢查
乳中蛋白質含量對酸奶凝膠的影響
在酸奶的制作過程中，乳蛋白是影響酸奶凝膠質量的主要因素，增加蛋白質含量，通常會增加蛋白質網絡結構的密度，減小凝膠中微孔的大小。可以更牢固的束縛產品中的水分即減少乳清析出。乳中蛋白質的強化可以通過添加乳粉、乳清粉、乳蛋白濃縮物、乳清蛋白濃縮物或酪蛋白酸鈉等物質來完成。蛋白質含量對酸奶凝膠的影響很大，其影響程度取決於蛋白質的種類及添加量，如酪蛋白水解物、乳清蛋白水解物的添加對酸奶的各個方面的性質僅起到負面的影響。添加乳清濃縮蛋白的效果最好，隨著蛋白質添加量的增加宏觀上表現出質地更均壹致密，持水能力更強;微觀結構方面上隨著蛋白質含量的升高酪蛋白形成的分支鏈逐漸變短，凝膠的空隙逐漸減小，形成更規則更細小的網狀結構，酸奶的流變性研究指出隨著蛋白質含量的增加，酸奶的彈性模量和表觀粘度均呈線性的增加，損失應力減少，凝膠強度。
其他原因
幹物質含量低、發酵劑添加量多、發酵時震動、鈣鹽不足、菌種汙染、容器滅菌不徹底、更重要的是穩定劑的選擇
防止方法 （1）幹物質>8.5%
（2）接種量2-4%
（3）添加適量的氯化鈣.