《神記》是《大世界地理圖》中的壹幅世界地圖--利瑪竇譯羅明鑒《西朱神新記》。這本書名為《神的真諦》，又名《天學實錄》，首次向中國人系統地展示了神的存在、人的靈魂不滅、死後天堂地獄的獎懲，並向世人報告了善惡的天主教教義。真意神也是第壹個把周制引入中國的。《田石雪義》後來被乾隆皇帝收入《四庫全書》，並有蒙古文、滿文、朝鮮文、越南文和日文譯本。
幾何原本——利瑪竇和徐光啟共同翻譯了歐幾裏得《幾何原本》的前六卷。利瑪竇在羅馬學院學習時使用的教材是《幾何原本》，由利瑪竇的導師、當時歐洲著名數學家克拉維烏斯神父編寫。克拉維烏斯神父在原著後加了兩卷註釋，共十五卷。
大通用地理地圖-世界地圖。
《西文奇跡》(現改名為《明末羅馬註音篇》)是中國漢字拉丁化的開端。
二十五個字-壹本關於天主教道德信仰、規範和修養的書
利瑪竇與十位中國學者對話集。
《交友論》——包含了從古羅馬的西塞羅到文藝復興時期的人文主義大師伊拉斯謨等人數百條關於友誼的格言。也有利瑪竇基於他對中國人思想的理解。這是利瑪竇寫的第壹本中文書。
《西方的歷史》——壹本介紹利瑪竇本人如何擁有念念不忘能力的書。
《辯遺》出版於-1635，收錄了明末凈土宗偏弘及其弟子於以天主教觀點和佛教觀點撰寫的利瑪竇書信。
《相同的數字》——介紹歐洲算術，根據Clara Ubis (1583)撰寫的《算術AE練習概述》翻譯。內容包括基本四則運算，分數比比例，根，正弦余弦等三角幾何。由李之藻記載，清代入《四庫全書》。
測量學的意義——關於應用幾何與測量學，徐光啟錄，附畢達哥拉斯的意義。
“愛更義”——李之藻的成績單
《洪蓋通憲圖》——天文知識，李之藻抄本
此外，他還創作或參與創作了《西秦八首》、《齋誌》、《幹坤體意》等作品。
利瑪竇用意大利文寫的日記，由比利時耶穌會士尼古拉斯·特裏戈(Nicolas Trigault)翻譯成拉丁文，出版於1615，定名為《基督教遠征中國史》，譯成中文為《利瑪竇中國筆記》。
1910年，皮埃特羅·塔奇·文丘裏出版了《利瑪竇》，這是在羅馬耶穌會士檔案中發現的利瑪竇的意大利原稿，連同其他手稿，標題為《歌劇故事德爾·p·利瑪竇》，共兩卷。1942年Pasquale d'Elia將其編入《利瑪竇全集》。
評價
長期以來，西方許多人，尤其是天主教徒，都把他視為“誘導異教徒皈依”的令人欽佩的傳教士。東方視他為促進東西方交流的科學家。這個評價主要是因為他向東亞傳播了西方的幾何、地理知識，以及人文主義、天主教的觀點，同時也向西方介紹了中國文化。所以有人把他當成漢學家。
教皇約翰·保羅二世在紀念利瑪竇抵京400周年國際研討會上的講話中對利瑪竇的評價，可以代表天主教會的觀點:
“神父利瑪竇最大的貢獻是在‘文化交融’領域。他用中文編纂了壹套天主教神學和禮儀術語，讓中國人認識耶穌基督，讓福音和教會在中國文化中誕生...因為神父利瑪竇是如此“中國人中的中國”，他之所以成為偉大的漢學家，是在最深層的文化和精神意義上，因為他把神父當成了學者、天主教徒和東方學家、意大利人和中國人。
《利瑪竇》的日本作者平川祐弘說，利瑪竇是“人類歷史上第壹個將歐洲文藝復興的各種學問與中國的四書五經融為壹體的巨人。”他還把利瑪竇視為“地球上第壹個‘普遍人’”。(中文版前言)
《美國生活》雜誌還將他評為第二個千年最具影響力的100人之壹(1000-1999)。