作為歐洲壹個重要統治王室的女兒，瑪格麗特公主從小就被視為各大王室聯姻的候選人。1560年，她的父母希望她嫁給菲利普二世的唐·卡洛斯王子。15歲的唐·卡洛斯在眾多新娘候選人的畫像中看到瑪格麗特時，評價說“這位年輕的公主最美”。然而，這個計劃以及後來瑪格利特和馬克西米連二世的兒子魯道夫在1563年的婚姻都泡湯了。
在法國宗教分歧之初，Catherine de Medici於1562年將女兒和小兒子Franco-Helck送到安布瓦茲，而Henry和Carl則留在盧浮宮和母親壹起生活。從6月1564到5月1566，瑪格麗特和哥哥查理壹起完成了壹次王國之旅。
當瑪格麗特回到巴黎時，她愛上了年輕的第三代吉斯公爵亨利壹世·德·洛林，他們甚至考慮結婚。但他們之間的婚姻是當時法國王室無法接受的，因為吉斯家族是堅定的天主教成員，也是法國反對胡格諾派的中堅力量，而當時的統治家族看重的是天主教和胡格諾派之間的政治平衡。亨利·德·洛林的宮廷職位被暫時取消，不久他被迫與王太後的教女凱瑟琳·德·克萊夫結婚。
1565年，瑪格麗特與葡萄牙王儲塞巴斯蒂安的婚姻計劃告吹；姐姐伊麗莎白死後，她試圖嫁給成了鰥夫的腓力二世，但以失敗告終。完全出於維護王朝穩定的目的，查理九世國王和他的母親從1570開始籌劃天主教的瑪格利特和新教的納瓦拉王儲亨利的婚姻。其目的是調和法國新教徒胡格諾派和天主教徒之間的矛盾，以實現第三次胡格諾戰爭結束時簽訂的聖日耳曼-盎格魯和平協議。這個計劃很特別，因為兩個不同教派信徒的政治婚姻在當時的歐洲基本上是被統治階級忽視的。
之後開始了漫長而艱難的婚姻談判，由亨利的母親珍妮·達布雷特和瑪格麗特的母親凱瑟琳分別在圖爾和布洛瓦城堡舉行。雙方在開始談判的時候，都希望對方改變教派，加入自己的教派，但是這個希望顯然是不可能實現的。1572年4月，雙方在布洛瓦城堡簽署的協議草案明確規定，婚姻不要求雙方改變宗教。
瑪格麗特雖然對未來的丈夫壹無所知，甚至心生怨恨，抱怨自己的名聲太臟，但在母親的壓力下，她不得不同意結婚。或者至少在接下來的幾年裏，她仍然支持這個提議。雖然在她的回憶錄中根本沒有提到，但壹幅更早的油畫為此提供了證據。
最後的結婚證是8月1572在巴黎簽的。根據協議，瑪格利特應該得到壹筆很高的嫁妝:查理九世為她支付了30萬金克朗，而卡特琳娜則提供了20萬裏弗。此外，她的兄弟亨利三世和弗朗索瓦·赫爾克支付了25.000裏弗爾。同時，瑪格麗特放棄了她繼承瓦盧瓦家族的權利。事實上，這些嫁妝只是部分或全部未付。簽字儀式結束後，魯昂大主教查爾斯·德·波旁和新郎的父母在盧浮宮舉行了正式的訂婚儀式。
根據Margaret的回憶錄，壹幅再現了她在聖巴托勒梅烏之夜臥室場景的油畫，Alexander Vla gunnar，19世紀，盧浮宮。
第二天(1572 August 18)，他們甚至沒有等到必要的教皇大赦就舉行了婚禮。婚禮在巴黎聖母院前廳舉行，因為納瓦拉國王亨利拒絕進入任何天主教堂的彌撒大廳。然後有壹個傳言:當瑪格麗特被問及是否願意嫁給納瓦拉國王亨利時，她沒有回答。最後，她的哥哥亨利按住她的頭，強迫她點頭。這個神話被歷史學家皮埃爾·馬蒂厄記錄下來，並聞名於世。婚禮結束後，狂歡慶祝壹直持續到8月21572。
作為納瓦拉國王亨利的隨從，許多胡格諾教徒也來到巴黎參加他的婚禮。壹次對加爾文主義者加斯帕德·德·柯利尼的不成功暗殺，成為聖巴托雷梅烏之夜的導火索。在這場大屠殺中，大量的胡格諾教徒被殺害，因此瑪格麗特的婚禮也被編年史記載為“血腥的巴黎婚禮”。納瓦拉國王亨利被捕並被迫皈依天主教。凱瑟琳·德·美第奇以血腥屠殺為借口，建議女兒取消婚姻，但瑪格麗特拒絕了，並忠誠地支持她的新丈夫。因此，盡管納瓦拉國王亨利本應皈依天主教，但他、瑪格利特和弗朗索瓦·赫爾克仍被軟禁在盧浮宮。
瑪格麗特的回憶錄是除了紅衣主教拉羅什福柯的秘書讓·德·梅根在盧浮宮記錄的重大事件之外，唯壹對同壹時期聖巴托爾梅烏大屠殺的文字描述。根據瑪格利特的描述，樂浪子爵加布裏埃爾·德·利維斯(Gabrielle de Levis)是壹名胡格諾派教徒，她跟隨丈夫，因為她被哥哥查理的衛兵跟蹤，所以藏在她的臥室裏。瑪格麗特為他求情，終於救了他壹命。大仲馬在他的小說《瑪戈公主》中再現了這壹場景。1573年，法國亨利王子在凱瑟琳·德·美第奇的推動下當選波蘭國王和立陶宛大公，離開巴黎前往克拉科夫。同壹時期，法國貴族組成了壹個由溫和的新教徒和天主教徒組成的政治聯盟:Les Malcontents(法語:不滿)。他們致力於穩定法國兩大宗教的和解，為新教爭取更多權力。盡管亨利王儲、瑪格利特和納瓦拉的弗朗索瓦·黑爾克仍被軟禁在盧浮宮，但他們仍盡力參與這壹聯盟的活動。到1574年5月查理九世去世時，心懷不滿的聯盟被認為是懺悔星期二陰謀(又稱萬塞內陰謀)的最大推手。他們的目的是讓弗朗索瓦·黑爾克代替仍在波蘭的亨利王子成為法國的下壹任國王，因為弗朗索瓦在宗教問題上比他的哥哥更寬容。此地塊於1574年2月曝光；具有諷刺意味的是，這是瑪格麗特本人與母親凱瑟琳密不可分的結果，其動機至今不得而知。弗朗索瓦·赫爾克和納瓦拉王儲亨利因此被關押在羅宇勝城堡。共謀者的第壹次越獄以失敗告終，他們的兩個支持者約瑟夫·博尼法斯·德·拉莫爾和漢尼拔·德·科赫勞斯伯爵被判處死刑。瑪格麗特策劃的第二次逃跑還是失敗了，這次也沒有造成太壞的後果。最後，在凱瑟琳·德·美第奇的推動下，成立了壹個由議員組成的委員會，調查陰謀的真實情況。於是，1574年4月，瑪格麗特寫了壹份為丈夫辯護的文件:支持亨利·德·波旁的記憶證據。這份文件在調查中發揮了至關重要的作用，使委員會確信佛朗哥·赫爾克和納瓦拉的亨利王子沒有參與這壹陰謀。所以他們被送回了巴黎，但是他們仍然處於嚴密的監視之下，就像聖巴托裏默之夜之後壹樣。
盡管處境非常不利，Francois-Helck最終在Margaret的幫助下於9月1575日從盧浮宮逃到了德勒。雖然無法證明瑪格麗特是否參與了該事件，但亨利三世仍懷疑她是同謀，並將她軟禁在家，嚴密監視。
1576年2月，納瓦拉的亨利王子步弗朗索瓦·赫爾克的後塵逃離巴黎，瑪格麗特沒有參與他的逃亡計劃。然而，她的懷疑加劇了。與此同時，亨利的逃跑使這對夫婦分離了兩年，這也使他們變得疏遠。
與此同時，弗朗索瓦·赫爾克開始公開站在新教徒壹邊。他為自己和納瓦拉王儲亨利重組了不滿的新教徒，並建立了自己的軍事力量。瑪格麗特壹直被軟禁在盧浮宮，直到弗朗索瓦·黑爾克以她是王室囚犯為由拒絕和談，亨利三世下令將她釋放。和談結束後，瑪格麗特和母親住在皇宮和胡格諾派代表部(1576年由包法利皇家法令建立)之間。
最終她被允許去找丈夫，在接下來的三年半時間裏，瑪格麗特和丈夫過著在博飽受詬病的生活。都有公開的戀人，經常吵架。瑪格麗特在1582年生病後回到了法國王室。但亨利三世怨恨她的名聲，強迫她離開王室。經過長時間的談判，她被允許回到她丈夫的國家。但是她受到了冷遇。為了渡過難關，她在自己的封地阿根發動政變，奪取了政權。經過幾個月的防禦，阿根的市民起來把她帶到了卡拉城堡。1586年，她被亨利三世囚禁在Overwien城堡，在那裏度過了18年。1592年，她與亨利解除婚約的談判開始了7年，1599年，談判以保留她的女王頭銜而結束。在不久的將來，她的前夫將成為法國最受歡迎的國王之壹。
在這些年裏，瑪格麗特寫了她的回憶錄。這本回憶錄出版於她去世後的1658。回憶錄以故事的形式描述了她哥哥和前夫的生活。美麗而又堅強的瑪格麗特有很多情人，其中比較著名的有約瑟夫·博尼法斯·德·拉莫爾、雅克·德·哈萊、德·昌·瓦龍領主和比奇·德·安布羅伊斯。
然而，她的美貌漸漸褪去，她陷入了貧困，債務人前來討要。絕望中，她賣掉了所有的珠寶。她與前夫和他的第二任妻子瑪麗·德·美第奇和解，回到巴黎，成為貧窮藝術家和贊助人的顧問。她經常幫助策劃宮廷活動，撫養亨利四世和瑪麗的孩子。她於1615年5月27日在巴黎去世，葬在瓦盧瓦的壹座教堂裏。成千上萬熱愛她的人哀悼她的離去和瓦盧瓦王朝的滅亡。