肝膽疾病(如肝細胞損傷、膽道梗阻；肝細胞和膽管上皮細胞增殖或癌變)，血清ALP總活性可升高。對於伴有黃疸的肝膽疾病，同時測定ALT和AST活性有助於區分肝細胞性黃疸和膽汁淤積性黃疸。肝細胞性黃疸患者ALP活性升高，但升高幅度較小，不超過參考上限的3-5倍。堿性磷酸酶和總膽紅素的變化也不平行。而梗阻性黃疸患者的ALP活性升高較早且幅度較大。完全梗阻性黃疸的酶活性高於肝內梗阻；腫瘤引起的梗阻高於結石引起的梗阻，其增高程度與總膽紅素的變化壹致。73%-95%的原發性或繼發性肝癌等肝內占位性病變患者ALP明顯升高。用於無黃疸的肝膽疾病，如黃疸性肝炎、慢性肝炎、脂肪肝等。，血清ALP輕度升高，若明顯升高，伴有ALT升高，應考慮肝膿腫等局部疾病。ALP活性隨肝硬化而變化，與總膽紅素的變化無關。如果肝病患者血清膽紅素逐漸升高，ALP會降低，這是病情惡化的征兆；反之，說明肝細胞有再生。使用氯丙嗪、砷化氫、甲基睪丸酮、口服避孕藥時，可引起膽汁淤積，血清ALP升高，早於膽紅素。肝膽疾病血清ALP升高可能是由於積累的膽汁酸溶解細胞膜釋放的ALP增加，或肝細胞通過毛細膽管或膽管向腸腔排泄膽汁的障礙，或阻礙膽汁排泄的因素誘導ALP合成增加所致。組織化學證實肝癌組織中ALP活性降低，而癌周受壓肝組織中ALP活性明顯升高。提示肝臟占位性病變血清ALP活性升高是由於病變周圍肝組織發生膽管壓迫性梗死，導致ALP排泄障礙，病變周圍肝細胞產生ALP過度活躍。
2.骨病
骨病患者血清ALP升高主要是由於成骨細胞增殖。異常骨炎(佩吉特病)明顯增多，是正常參考值上限的10倍到幾十倍，但血清鈣磷大多正常。佝僂病和骨軟化癥患者ALP的變化與病程和病情有關。ALP早期略有上升，隨病情加重繼續上升，達到正常上限的4-10倍。治療2周後，酶活性下降。骨折愈合ALP活性略有升高，成骨骨癌ALP活性顯著升高。各種類型骨質疏松癥和良性骨母細胞瘤的ALP無明顯變化。甲狀旁腺功能亢進患者，甲狀旁腺激素過多導致骨質溶解增強，ALP活性中度或重度升高，血鈣升高，血磷降低。這有助於與畸形性骨炎和佝僂病相鑒別。ALP3主要來源於旺盛的骨骼，電泳往往很難將其與ALP2分離。在變形性骨炎或骨肉瘤、繼發性或骨性骨癌、佝僂病或甲狀腺機能亢進的情況下，這壹比例增加。
40%-80%的骨肉瘤患者血清ALP高於正常，與骨肉瘤患者的預後有關。如果骨肉瘤患者截肢前血清ALP較高，預後較差。治療前血清ALP活性與預後有關。從開始治療到復發的時間，正常ALP組為265，438±0.2個月，升高ALP組為65，438±0.3個月。認為治療前血ALP高的患者可以采用更具致死性的化療方案，提高生存率。
3.惡瘤
對4000人血清ALP成分的測定表明，其主要作用是區分血清中升高的ALP是單獨來自肝組織還是同時來自骨組織。肝型和骨型ALP在血液中同時升高，在惡性腫瘤中最常見。肝型堿性磷酸酶升高幾乎是肝臟惡性腫瘤浸潤的結果。肝臟ALP在骨組織中的二次沈積常可引起成骨反應，並伴有骨ALP升高。因此，惡性腫瘤患者血清肝型和骨型比例較高。肝型和骨型ALP同工酶的定量測定對判斷腫瘤的擴散和療效有重要價值。早期胎盤ALP在無骨轉移的肺癌患者血清和癌組織中均有發現，在腦膜瘤、胰腺癌和顱咽管瘤患者血清中也有發現。當對應於ALP的正常抑制基因重新表達時，產生Regan同功酶(或癌胚同功酶),這在肺、結腸、乳腺和女性生殖系統腫瘤中發現。高娜同功酶(胚胎樣ALP)在性質上與ALP4相似，發現於胰腺癌、胸膜癌和膽道癌患者的血清中。用特異性單克隆抗體定期檢測卵巢癌患者術後血清HMAP的含量，發現HMAP能較好地反映患者的病情和腫瘤活動情況。認為HMAP與CEA相似，可出現在許多惡性腫瘤和壹些血液病中，如淋巴瘤和白血病。
4.在懷孕期間，血清ALP4有規律地增加，特別是在最後三個月呈指數增加。分娩前突然下降，分娩後3-4天血清ALP4消失50%，經產婦較初產婦更明顯。子癇前期患者血清ALP4在出現明顯臨床癥狀前顯著升高，而高血壓和糖尿病引起的高危妊娠孕婦血清ALP 4顯著降低。顯著增加是胎盤損傷的指征，而減少是胎盤發育不良的特征。因此，血清ALP4是監測胎盤功能的指標。
5.其他疾病
尿毒癥和腸梗阻時，ALP2升高。腎臟受損，由於腎細胞的破壞，這種酶被釋放出來，從而顯著增加尿液中的ALP活性。腎移植排斥反應後血清中可檢測到腎堿性磷酸酶。活動期潰瘍性結腸炎患者血清中可發現ALP6，而ALP2消失。治療改善後，ALP6消失，ALP2重新出現。證明ALP2與ALP6密切相關，ALP6可能是ALP2的修飾酶。慢性胃炎患者胃粘膜腸變形後可出現ALP活性，並隨變形範圍的擴大而增加。