番木瓜育苗，普遍采用實生繁殖法。
（1）圃地的選擇及整理
番木瓜的種子可隨采隨播，但必須是保證在嚴格的選種基礎上的。播前先要選擇適宜的地塊做圃地。由於番木瓜苗忌積水怕低溫，故宜選地勢稍高、背北向南、陽光好、土溫高、排灌方便、肥沃的壤土育苗為宜。並要註意與葫蘆科的瓜園相隔壹定距離，周圍無感染花葉病的植株。
播種前1個月進行深翻曬土，提高土溫，並撒石灰消毒，防除地下害蟲。然後做畦，畦寬約1.2～1.5米，高約13～33厘米。畦地要細碎，畦面要平整。結合整地施入基肥，每667米2施腐熟的堆肥1500千克，並可混入10～20千克過磷酸鈣和10千克左右的草木灰。
（2）種子處理及播種
播前要對種子進行處理。選用0.1%托布津消毒後，再用1%的小蘇打（NaHCO3）浸種4～5小時，取出用清水洗凈，即可播種，或放於32～35℃條件下催芽後進行播種。
播種的方法可采用點播、條播或撒播。但以點播及條播較好。行距10厘米，點播株距5～8厘米，每株位播種2粒，播種後覆土約0.6厘米，上再加蓋禾草，然後淋水，保持濕潤。如用撒播，平均粒距約2厘米左右。播後10～20天出苗，可間苗兩次，發現病苗要及時除去。苗高10厘米左右時，即可定苗。撒播時每667米2用種量為1千克。發育正常的番木瓜果實，50千克鮮果，壹般可得幹種子100～150千克，1千克幹種子約有58800～70400粒。
（3）播期及苗期管理
番木瓜的種子可隨采隨播，溫暖地區，基本上全年均可播種。春播於2月下旬至3月播種，4月下旬至5月中旬定植，育苗期需50～70天。夏播於7月下旬播種，9月上、中旬定植，育苗期需50～70天。秋播於10月中、下旬至11月中旬播種，次年3月上旬定植。但秋播的，為了種苗能夠安全越冬，要保證苗木在10厘米以上，畦地背北向南，設防風障，苗床用塑料薄膜棚或稻草防寒，要求棚內溫度不高於35℃，不低於5℃。同時，還要充分利用陽光，天氣晴朗和棚內溫度過高時，要掀起薄膜，以便接受充足的陽光，並散熱降溫，晚上蓋好防寒，必要時在薄膜棚上再加蓋稻草。
播後，當子葉長出而未抽生真葉之前，極易出現幼苗葉斑病，使子葉葉緣逐漸枯萎而死，故子葉期間可噴布托布津1000倍液或膠體硫300倍液，每隔10天壹次，***噴2次，以減少該病發生。白天高溫，薄膜棚內濕度大時，應將薄膜揭開。幼苗5片真葉期間，開始煉苗，夜溫不低於8℃時，應逐漸揭開薄膜，並適當減少肥水供給，以避免小苗徒長或發生折腰病。
當幼苗出現2～3片真葉後，可減少淋水次數，促進根系向深處生長。4片真葉後，每10天追施腐熟的稀人尿（1∶10）1次，於接近出圃前6～7天再追壹次，促發新根，提高定植成活率。苗期的主要病蟲害有立枯病、根腐病、炭疽病、地老虎、蠐螬、蟎、蚜蟲等，應加強防治。目前已知蚜蟲是番木瓜花葉病的主要傳染媒介，要徹底防治。
（4）苗木出圃
苗高20厘米左右，即可出圃。優良的苗木應該是矮壯、葉片齊全、濃綠、具有較多的須根，無爛根及病蟲害。露地播種的，起苗前要充分灌水，以免起苗時傷根過多。選陰天、晴天早晨或傍晚時間進行起苗，防止日曬風吹或露根，以減少幼苗水分蒸發。
為了預防苗期花葉病發生，還可采用營養缽育苗。壹般在秋冬育苗，翌春移栽，從而避開花葉病發病高峰期——4月中旬到5月上旬和9月下旬至10月下旬，植株到秋、冬季即可獲得壹定產量。