原則:
將RNA固定在尼龍膜上
用DNA探針鑒定待測mRNA
這是壹種將RNA從瓊脂糖凝膠轉移到硝酸纖維素膜上的方法。DNA印跡技術由南方在1975創立，稱為南方印跡技術。RNA印跡技術正好對應DNA，所以稱為Northern印跡雜交，與此原理類似的蛋白質印跡技術稱為Western blot。Northern印跡雜交的RNA印跡類似於Southern印跡雜交的DNA印跡，只是在註射前用甲基氫氧化銀、乙二醛或甲醛使RNA變性，而不是用NaOH，因為它會水解RNA的2’-羥基。RNA變性後，有利於在轉移過程中與硝酸纖維素膜結合。也可在高鹽中轉移，但烘烤前與膜結合不牢固，轉移後用低鹽緩沖液洗脫，否則會洗脫RNA。EB不能加入膠中，因為它會影響RNA和硝酸纖維素膜的結合。為了確定片段大小，可以在同壹塊膠上加入分子量標記進行電泳，然後將標記切割、著色、拍照，樣品膠進行Northern轉印。標記膠著色的方法是在含5μg/ml的暗室中浸泡。
在0.1mol/L的醋酸銨溶液中，水中光照10min，EB可被脫色。在紫外光下用初級成像相機拍照時，有色RNA膠應盡量少接觸紫外光。如果暴露在太多或白熾燈下太久，RNA信號就會減弱。從瓊脂糖凝膠中分離全功能mRNA時，甲基氫氧化銀是壹種強有力的可逆變性劑，但有毒性，所以很多人喜歡用甲醛作為變性劑。所有操作應避免核糖核酸酶汙染。
原子核連續運轉
原則:
快速冷凍使細胞核中被轉錄的mRNA復合物處於冷凍狀態。
加入ATP/GTP/CTP/32P-UTP，恢復mRNA的轉錄並停止(冷凍時標記正在轉錄的mRNA)，提取mRNA。
用cDNA探針和對照cDNA標記尼龍膜後，檢測目的mRNA。
2、操作流程:
細胞核提取
處理過的細胞(在10 cm培養皿中培養)
吸幹培養基，迅速將細胞放在冰上。
用10ml冰預冷的PBS洗滌細胞壹次。
加入10ml用冰預冷的PBS，刮去細胞並轉移到離心管中。
將500克離心5分鐘，然後丟棄液體。
懸浮時加入4毫升NP-40裂解物。
10毫米Tris-鹽酸，PH7.4
10毫米氯化鈉
3毫米氯化鎂
0.5% NP-40
冰上孵育5分鐘，如前所述離心，棄去上清液。
用4 ml NP-40裂解物懸浮並沈澱，洗滌，如前所述離心，棄去上清液。
用200微升甘油儲存溶液懸浮沈澱物，並將其儲存在液氮甘油中。
50毫米Tris-HCL，PH8.3
40%甘油
5毫米氯化鎂
0.1毫米EDTA
連續運行
融化冰凍的細胞核。
加入200微升2X反應緩沖液。
10毫米Tris-HCL，PH8
5毫米氯化鎂
30萬KCL
5毫米DTT
1毫米ATP
1毫米CTP
1毫米GTP
添加32P-UTP100uCi。
在30℃下振蕩反應30分鐘。
總RNA提取:
添加1.4ml RLT(QIAGEN公司)
用Rneasy微型試劑盒提取總RNA
用700ul SW1洗壹次。
用500ul RPE洗4次。
用110ul不含RNase的ddh2o洗脫兩次。
向液體閃爍檢測溶液中加入3ul，測量CPM值。
探針cDNA標記的尼龍膜；
用0.5N氫氧化鈉處理尼龍膜
5-10ug/樣品膜
自然幹燥
交聯
4)雜交:
取等量的CPM RNA，加入2ml TES/0.6M氯化鈉。
10毫米TES
10毫米EDTA
0.2%十二烷基硫酸鈉
在混合爐中，反應在68℃下進行過夜。
用2XSSC/0.1%SDS清洗膜三次。
用0.1XSSC/0.1%SDS洗膜三次。
x射線膠片曝光