(2)大量使用農家肥後，培養的藻類多為鞭毛藻(如隱球菌、眼蟲等。)和大型藻類，如草菇、棘球絳蟲等。藻類越多，水色越濃，晴天光合作用越強，水中二氧化碳消耗越多，堿性就會增強，最終導致水的pH值升高。
(3)農家肥如果不發酵或發酵不完全直接放入水中，其耗氧會非常嚴重。但在池塘溶解氧不足的情況下，氨氮會轉化為亞硝酸鹽，導致水中亞硝酸鹽超標。
(4)大量的農家肥容易導致水質不穩定，天氣變化時容易發生藻類水華。
第二，高淳河蟹養殖過程中，3-5月份水中常見昆蟲，與農家肥的大量使用有直接關系。主要是由於農家肥溶解性差，大量不溶性有機物懸浮在水中或沈積在池塘底部，造成水體和底部臟汙，導致枝角類、橈足類、紅線蟲等害蟲爆發。蟲害壹旦爆發，不僅會影響肥水效果，甚至會導致水體出現白濁渾濁現象。昆蟲太多不僅消耗水體中的營養物質，而且施肥和澆水困難，水質不穩定，河蟹應激反應大。另外，水體中能被吸收利用的營養物質很少，久而久之，河蟹的體質會變弱；同時，大量昆蟲在夜間耗氧嚴重，底部溶解氧會明顯減少，尤其是處於蛻皮期的河蟹(對溶解氧的需求量是平時的2-3倍)，容易出現蛻皮失敗。
三是水生植物長勢差，容易臟(1)。農家肥養殖的藻類多為鞭毛藻等大型藻類，水色呈暗綠色或深綠色，水體透明度大大降低。水生植物得不到足夠的陽光，它們的生長變得衰弱。時間長了會弄臟，嚴重的話水草會腐爛。同時，鞭毛藻也會附著在水生植物上，加重水生植物上的汙垢。水草越臟，時間越長，水草根腐萎縮越明顯。
(2)農家肥溶解性差，大量不溶性有機物懸浮在水中或沈積在底部，導致水粘度增加，滲透性降低，底質變質。此外，農家肥營養單壹，特別是缺乏水生植物生長所必需的碳源和礦物質(如鈣、鎂)，容易導致水生植物不健康生長，進而變臟、萎縮。
第四，苔蘚和土地容易爆發。由於農家肥含氮量高，過量的氮肥不能充分利用而殘留在水中，而苔蘚和土地則適合在高氮環境中生長。所以農家肥的大量使用也是苔蘚和土地爆發的直接原因之壹。
動詞 （verb的縮寫）誘發河蟹不良癥狀(1)“三高”對河蟹的影響過高，而河蟹的特點是晴天淺水餵養差，半夜上岸上網，會出現撐爪、環爪等嚴重癥狀。氨氮過高，螃蟹就會上岸，毒素在螃蟹體內堆積，導致體質逐漸變弱，容易出現脫殼、拉腳、軟殼等癥狀，嚴重影響螃蟹的早期成活率。頂殼中亞硝酸鹽過高，水體缺氧，河蟹容易半夜上岸吃草，蛻皮時會出現蛻皮不完全等癥狀。
(2)過量使用農家肥導致底部有機物沈積過多，容易誘發河蟹黑腮、腸炎等癥狀。
(3)壹個真正好的肥料，既可以做肥料，也可以做原料，而農家肥由於營養單壹，營養成分有限，不能被河蟹直接吸收利用。因此，大量使用農家肥不利於河蟹第壹殼和第二殼期間的營養積累。