盡管微波對人體的確切影響尚未得到充分研究，但大多數科學家現在都認為會有以下非累積性危害:
(1)對眼睛的危害:眼睛裏的水分極其豐富，容易受到微波的影響；此外，眼球的很多部位(如角膜、晶狀體)血流量非常有限，散熱能力差，所以壹旦受到微波的攻擊，無法在短時間內有效散熱，造成熱殘留。
長期接觸可能會導致白內障的風險。
(2)生殖器官的危害:主要指男性的睪丸。如果用微波加熱男人的睪丸，很容易溫度升高，破壞精子的產生。所以使用微波爐時，要放在合適的地方，腹股溝不要直接暴露在微波可能泄漏的地方。如果微波爐長期不保養，有漏電的可能，那麽孕婦就不適合靠近，以免影響胎兒。
(3)皮膚和皮下組織:壹般來說，微波的危害性與頻率成反比。頻率越高(波長越短)，穿透力越弱，損傷程度越小。
雖然微波爐本身會對人體有傷害，但是微波爐本身是否有傷害，還要看它是否會逃離微波爐，也就是微波爐本身的結構是否嚴密。有沒有可能漏微波的縫隙？
為了保證微波爐的密封性，大部分爐門都設計了雙鎖或互鎖。當爐門沒有關緊或關不緊時，微波發生器自動鎖定，無法啟動。換句話說，如果不同時關好爐門，啟動微波爐，就根本沒有微波爐。
裂縫可能是由於使用不當或年久失修造成的。當縫隙較大時，可以用肉眼觀察；但可能是縫隙小或者爐內背景造成的，肉眼無法識別。在英美先進國家，有專門人員對微波爐進行檢查。在距離爐門五厘米的任何壹點測得的微波能量不得超過每平方厘米五米？6?4瓦，遠低於已知對人體造成傷害的最小劑量；目前有壹些口碑好的公司把家電和微波爐的標準提高到每平方厘米不超過壹米？6?4瓦特的度數。在國內相關法律法規和專門機構沒有完全設立之前，消費者在使用時壹定要格外小心；請維修廠家定期上門檢查是否有漏電現象，壹般家用微波爐至少壹年壹次，商業用戶至少半年壹次。
2.包裝容器不當:被加熱的物品如果含有金屬薄膜、金屬板之類的東西，不僅裏面的包裝不能加熱，如果有細長的金屬，還可能產生火花。畫有金銀線的盤子，可能會因為接收到磁波，發出火花而脫落。飛濺的金屬屑會散落在食物中，可能會被吃掉。
用微波爐烹調時，所用的耐熱塑料袋和保鮮膜應能承受130℃以上的高溫，以免使包裝內的食材流出或變質，汙染食物。用微波加熱含油較多的食品，食品本身的溫度會高達160℃，已經超過了專用塑料袋或保鮮膜的耐熱上限，其中的有害物質可能會流入食品中，導致食品本身的衛生問題。
使用微波爐時的註意事項:
(1)平時經常用熱水或洗潔精清洗內部，不要在門縫隙中留有渣滓，會影響爐門的密封性。
(2)不要用鋼絲或硬而粗糙的物體(如帶有金屬顆粒的菜布)用力刮刷爐子，以免損傷微波爐內壁；導致微波不能充分反射或者增加爐門縫隙。
(3)爐門損壞時，立即停止使用，請專業人員修理。千萬不要送到壹般的鍋具修理店修理或者自己修理。最好不要自己買測試器，而是檢查微波爐有無泄漏。
(4)根據用戶手冊操作和維護機器。
(5)爐內無食物時不要打開電源。避免空爐操作；因為空爐運行時，磁控管發出的微波無處吸收；長時間使用可能會對爐子本身造成損害。
(6)不要在爐門鑲嵌物中插入任何物質。
(7)微波爐運轉時，切勿強行打開爐門。
(8)不要買未經檢驗合格的二手微波爐。在國內沒有專門的微波爐檢測機構之前，最好不要購買二手貨。
(9)千萬不要直立在微波爐前，將腹股溝暴露在微波可能逸出的地方。不要看得離微波爐太近。
(10)如果妳的微波爐是1972之前生產的，或者沒有互鎖裝置；當妳打開爐子時，壹定要檢查微波爐是否已經停止工作。
(11)食品和容器中不應有金屬、金屬膜或金屬板；應仔細選擇耐熱至少為130℃的物品的包裝容器；含油脂較多的食物應選擇玻璃、陶瓷等容器。
(12)請專業人員定期進行維護和保養。商用或工業用微波爐至少每半年檢修壹次，家用至少每年檢修壹次。
(13)在沒有完全了解微波魚帶來的危害之前，妳應該避免長時間坐在或站在微波爐旁邊。