元明清三代以土司制度統治南方民族。中央王朝建立土司制度，是由於南方民族地區民族情況復雜，各民族政治、經濟、文化發展水平參差不齊，且多在邊遠邊疆和交通不發達的偏遠地區。中央王朝不得不采取順民心、存民力的原則，即對社會發展水平極不壹致、保持特殊風俗文化的民族地區，不以大陸的統治方式和倫理道德來對待和治理，而是采取依附於這些民族的原則。就南方各民族自身而言，土司制度的建立是由於經過宋朝及前代的羈絆後，各民族社會經濟的大發展。到了元朝，大多數民族都進入了奴隸制和封建農奴制的發展階段。這種經濟結構是分散割據統治的土司制度存在的經濟基礎。元明清土司制度就是在適應這種經濟基礎的前提下建立起來的。
土司制度可分為三個時期:(1)土司制度的初始階段(元朝)；(2)土司制度完善時期(明朝)；(3)土司制度的衰落(清朝)。以下分別描述。
土司制度建立時期(元朝)
元朝是中國各民族社會快速發展的時期，尤其是南方民族在與漢、唐、宋不斷進行政治、經濟、文化交流後發展迅速，元朝對南方民族地區的統治最為深入。所以元朝在總結漢唐宋桎梏的基礎上加以發展。雖然元朝為了克服漢唐宋的束縛，設置了縣、州、府、縣、洞、地方官，但地方官區類似於壹個獨立的王國，創造了蒙古人和外族人參與治理的法律，官分浮土，地方官地為土司制度，是中央王朝的行政區劃之壹。元代的土司制度在內容和形式上都不同於前代。
元朝土司制度的統治始於元世祖忽必烈統壹中原之前。忽必烈進入雲南後，面對西南眾多而復雜的民族，如何穩固自己在西南各民族中的統治，成為南宋政權能否最終被消滅、全國能否統壹的關鍵問題。因此，忽必烈總結了歷代統治西南民族的經驗，決定采取招安政策。平定雲南大理政權後，忽必烈立即降服西南各民族，將各種官職授予能帶兵歸附的人，如慰安使、慰安使、和平使等，使“官、兵、民各依其俗，無異常之事。”他們在雲南招募了很多民族。“臨安、白邑、木迪地寨鎮199座，魏初、金牙、羅地軍民3.22萬人，頭老曼、高州、筠連寨鎮19座”。後來，艾祿和刺丁投降了西南諸國。原民族的酋長官職是在被招募地區授予的，是世襲的。這是元初實行的土司制度。
元朝統壹全國後，開始在南方民族地區建立土司統治。據《元朝地理誌》對四川、雲南、湖廣等省的記載，* * *有大小土司296個行政組織。其中，四川宣威師1，綏靖師2，伊曼路3，伊曼府6，長樂服2，土軍1，伊曼千戶1，伊曼洞15，伊曼楚6，伊曼村4；雲南省宣威署4、宣威署元帥府1、傅玄署3、軍政總政府25、伊曼府伊曼路19、39；湖廣省宣威署3、宣威署元帥府1、綏靖署13、龍官司5、軍民總政府5、伊曼路19、伊曼府38、土軍2、伊曼洞16、伊曼署31、伊曼村33。這些酋長機構前後發生了變化。元朝對土司的設立、任用、繼承、朝貢、義務、招募等都有具體規定，土司統治制度基本確立。元朝土司制度統治的具體方法如下:
第壹，建立各種酋長職位。元代土司的官職有:宣威使、使、安福使、使、龍官司。《元史·關白誌》載:“宣部統軍政，道分將軍郡。省裏有政令，下面就發，縣裏請，就下達到省裏。如果有邊防軍，也是元帥府，其次是元帥府。影響深遠，也有拉客、安撫、宣等使者，產品數量不壹。宣慰司官職有五種:宣慰司——“秩從二品。“每個部門三名大使，來自兩種產品；壹起認識壹個會員，來自三品；四、產品協議成員；體驗壹個會員，來自六品；萬物皆會員，來自七品；據磨坊和壹個內閣管鉤的成員說，是九級。”魏宣令都統元帥府設——“秩從二品”使三員，知二員，副使，經歷二員，督二員，照顧二員，入閣壹員。“官階與宣威同名官員相同。宣威使掌管軍部——“各部宣威使三人，同知壹人，副使壹人，經歷壹人，管理壹人”。