在運用藥膳時，首先要考慮自身的體質、健康狀況以及季節時令、地理環境等多方面情況，判斷其基本證型，然後再確定相應的食療原則。
在藥膳治療中，不僅要講究非食療中藥材的性味，也要註意食療中藥材的性味。壹般來講，溫性、熱性的食療中藥，如生姜、大蔥、紅棗、核桃、羊肉、小茴香等，具有溫裏、散寒、助陽的作用，可以用來治療寒證、陰證；涼性、寒性的食療中藥，如綠豆、藕、西瓜、梨、荸薺、馬齒莧、菊花等，具有清熱、瀉火、涼血、解毒的作用，可以用來治療熱證、陽證。
就五味而言，酸味食療中藥，如烏梅、石榴等，能收斂、固澀；苦味食療中藥，如苦瓜、杏仁能清熱、降氣、瀉火、燥濕；甘味食療中藥，如大棗、蜂蜜、飴糖，能補養、調和、緩急止痛；辛味食療中藥，如生姜、大蔥，有發散和行氣等作用；鹹味食療中藥，如海藻、海帶等則能軟堅散結；淡味食療中藥能滲利小便，如茯苓、薏苡仁等。
藥膳使用的多為藥、食兩用之品，並有食品的色、香、味等特性；即使加入了部分藥材，由於註意了藥物性味的選擇，通過與食物的調配仍可制成美味可口的藥膳。
藥膳的烹調，主要以“燉、煮、煨、蒸”為主，最後都可成為“湯”，這樣可使藥物和食物在較長時間受熱過程中，最大限度地釋放出有效成分，增強功效。藥膳烹調的特點是以藥物和食物的原汁原味為主，做到既具補益作用，又具菜肴鮮美的特點，以誘發人們的食欲，從而達到確切的功效。
藥材的選用也講究“辨證施治”的原則，根據人體體質和食物的搭配、本身的藥性，選購藥材壹定要新鮮優質，凡是變質、發黴的均不能食用。藥膳所用的中藥材和食物首先要凈選，使之清潔幹凈，無雜質異物，無塵土，無黴變腐爛，還要註意其色、味純正，外形美觀，質量優良。
為保證藥膳療效，還應對藥材與食物進行必要的加工處理。有的需切片、切絲、切丁或切段，有的需粉碎為細末，有的則需按中藥炮制的要求進行炮制加工，以減其毒性或副作用。
優良的藥膳必須講究烹調技術。壹般食用中藥以及無不適氣味的中藥，可與食物壹起烹制，若藥物較多或有明顯不適氣味，可用紗布將藥物包好，再與食物壹起烹制，藥性即進入食物或湯裏，服食時要將藥渣去除。也可先將中藥煎煮，濾取藥汁、去渣，再在食物烹調過程中加入藥汁，減少營養和有效成分的破壞。
“飲食有節”是中醫重要的養生保健原則，藥膳食療同樣應適量而有節制。短期內不宜進食過多，不可急於求成。應根據自身狀況，經常小量服食，持之以恒，久之定能收效。
對於無病者可適當食用某些保健養生膳。對於體質虛弱或患病者還應當用藥治，並配合藥膳治療。而在疾病康復期或對某些慢性病患者，用藥膳調治可能更為合適。值得註意的是，藥膳雖有不少好處，但其針對性和治療效果遠不及藥物，只有兩者配合應用，相輔相成，才能取得更好的效果。