在廣泛收集保存種質資源的基礎上，各有關研究單位陸續開展了蔬菜種質資源的評價和利用工作。“七五”（1986—1990）、“八五”（1991—1995）期間，“農作物品種資源研究”被正式列入國家科技重點攻關項目，其中包括蔬菜種質資源的收集、整理、繁種、入庫、編目和幾種主要蔬菜的抗病性鑒定及品質分析，這10年對蔬菜種質資源開始了系統的評價和利用工作（戚春章等，1995）。
對蔬菜種質資源的評價主要內容有植物學和農藝性狀的鑒定，包括根、莖、葉、花、果、種子等的形狀、大小、顏色、有無刺或茸毛等植物學特征和熟性、產量、抗病性、產品品質等農藝性狀。由中國農業科學院蔬菜花卉研究所組織全國28個省（區、市）（西藏自治區、臺灣省未包括在內）的專家***同制定了《蔬菜品種調查觀察記載項目及描述標準說明》和81種以種子繁殖為主要方式的《主要蔬菜地方品種目錄調查表》。由此，蔬菜種質資源的系統評價工作開始起步。“七五”期間，對菜豆、大白菜、黃瓜、辣椒4種蔬菜***5000余份種質資源的11種病害（如炭疽、枯萎、病毒、霜黴、白粉等）和7種營養成分（如粗纖維、粗蛋白、醣、辣椒素、維生素C、茄紅素等）進行了鑒定。並在鑒定的基礎上進行了系統的評價。與此同時，還編輯出版了中國第壹部《中國蔬菜品種資源目錄》。“八五”期間，又增加了茄子、豇豆、蘿蔔等蔬菜的鑒定（李佩華等，1998）。
“九五”（1996—2000）期間，繼續開展了“蔬菜優良種質評價與利用”、“蔬菜優良種質評價與利用數據庫”和“蔬菜種質資源繁種入庫”等研究項目，完成了1000份普通白菜種質對TuMV的抗性、1174份豇豆種質對豇豆銹病的抗性和1059份菜豆種質對菜豆銹病的抗性鑒定；完成了514份大白菜種質的田間自然和室內控溫耐熱性鑒定；完成了556份普通白菜種質的耐抽薹性鑒定；完成了230份胡蘿蔔的耐貯性鑒定。總計完成各類鑒定6535份次。完成了305份胡蘿蔔種質的幹物質、總糖、胡蘿蔔素、維生素C的測定；完成了542份長豇豆種質的幹物質、粗蛋白、可溶性糖和粗纖維含量的分析。為了確保各項鑒定數據的可靠性、可比性和有效性，在進行各項鑒定之前，研究確立了相應的統壹、規範的鑒定方法、指標和標準。同時，對“八五”初評的35份菜豆、70份大白菜、70份辣椒、120份蘿蔔、70份豇豆和35份水生蔬菜種質進行了多年多點綜合評價，提出了300份有特點的優良種質資源。獲得遺傳性穩定、有利用價值和效果的優異種質資源16份，其中大白菜抗病的3份，菜豆抗病的2份，辣椒抗病毒的3份，蘿蔔抗病毒的3份，豇豆抗病的3份，水生蔬菜優質種質2份。
“十五”（2001—2005）期間，在國家基礎性工作項目、國家自然科技資源***享平臺項目、國家科技攻關項目、農業部資源保護項目、省市自然科學基金項目等的大力支持下，開展了蔬菜作物種質資源描述標準和規範的制定研究、標準化整理整合與***享試點建設，無性繁殖及多年生蔬菜作物種質資源標準化整理、整合及***享試點等工作。有力地促進了蔬菜種質資源評價工作向更加深入、更加規範的方向持續發展。已制定了30余種蔬菜種質資源的描述規範和數據標準。鑒定了225份白菜種質發芽期耐鹽性和122份白菜種質苗期耐鹽性。鑒定了189份蘿蔔種質和300份白菜種質的耐抽薹性。完成了對106份番茄種質苗期抗細菌性斑點病，冬瓜、南瓜、瓠瓜、絲瓜等7種瓜類蔬菜124份種質抗根結線蟲，112份黃瓜種質抗灰黴病和菌核病，120份黃瓜種質抗南方根結線蟲，107份萵筍種質抗菌核病和160份萵筍種質抗霜黴病等的鑒定。同時，對268份白菜種質種質進行了對小菜蛾的抗性鑒定。
20年多來，累計對18種蔬菜進行了45204份次種質資源的抗病（蟲）、抗逆鑒定和質量分析，***篩選出各種優良和優異種質2500多份。
在全國性蔬菜種質資源的繁種更新和鑒定評價的基礎上，僅國家蔬菜種質資源中期庫和無性繁殖蔬菜種質資源圃，作為壹個集資源保護、科學研究、社會教育與社會服務於壹體的“國家蔬菜多樣性保護、研究與示範推廣中心”，每年接待國內外參觀訪問者數百人次。在滿足種質資源更新和研究用種需要之外，自初建以來，累計向國內外科研和生產單位分發蔬菜種質資源377批次，涉及75種（變種）蔬菜，16591份次。僅“十五”期間就向種質資源協作單位提供更新用種11608份，向國內外118個研究和生產單位分發46種蔬菜種質資源154批次，計5806份。促使優異基因滲透到全國各地育成的主要蔬菜新品種中，並推動了全國蔬菜產業的發展。目前，還有不少優異的種質材料被直接在生產上推廣應用。其中茄果類蔬菜中以辣椒的地方品種利用最多。如河南省永城辣椒、雲南省邱北小辣椒、河北省望都大羊角椒、福建省寧化牛角椒等幹制的優良品種。其特點是色澤鮮艷、水分少、油性大、味芳香，其加工產品不僅內銷，還外銷到東南亞各地。瓜類中利用最多的是黃瓜，如長春密刺，因其具有早熟、豐產的特點，在保護地栽培中被廣泛應用。加工黃瓜品種如揚州乳黃瓜、錦州小黃瓜等則已成為加工的良種。中國豆類蔬菜的品種數量位居蔬菜種質資源中的首位，其中尤以東北的菜豆種質資源最為豐富，被推廣利用的品種也較多，如家雀蛋、大花皮、白羊角等品種，其品質優良，適於炒食或速凍加工。此外，還有江西省上饒菜豆，雲南省大理、保山的荷包豆等名優品種。根菜類的蘿蔔，生食品種心裏美因其味甜、質脆、色美而著稱國內外，在華北、東北有栽培外，並被引至歐美各國。加工品種有浙江省蕭山蘿蔔、江蘇省如臯60天蘿蔔、如臯小圓蘿蔔等，用其加工而成的蕭山蘿蔔幹、如臯蘿蔔條等在國內享有盛譽，還遠銷海外。中國是世界上唯壹利用莖用芥菜生產榨菜的國家，其中又以四川省栽培歷史最為悠久，浙江省生產量最多。芥菜類中的莖用芥菜品種如四川省涪陵的枇杷葉、鵝公包、三轉子以及浙江省海寧的半碎葉、全碎葉等都是加工榨菜的優良品種，已在生產上廣泛推廣利用。姜和蔥蒜類蔬菜中的大蔥是中國特有的調味品，其中山東省萊蕪片姜和大姜兩個類型是山東省的主要特產蔬菜；大蔥又以山東省章丘大蔥最為有名，主要品種有大梧桐蔥、氣煞風等，這些品種已被有關產區大量引種。被各地引種的優良品種還有大蒜中的山東省蒼山大蒜、蒲棵蒜、糙蒜、高腳子以及江蘇省太倉白蒜、徐州豐縣白蒜等；韭菜中的漢中冬韭、壽光馬藺韭等。水生蔬菜中的蓮、菱、茭白、水芹、蒲菜、水蕹菜等，均原產於中國。其中藕蓮品種中，著名的有江蘇省寶應貢藕，明朝以藕粉進貢而得名，目前仍被廣為栽培。另外還有浙江省江湖州的雙塘雷藕，其孔眼小、肉質細膩。湖南省湘潭的寸三蓮，是白蓮中的優良品種。茭白又以江蘇太湖的鮮茭最為有名，其加工品遠銷日本等地，它們都已成為當地的主栽品種。多年生蔬菜中被廣泛推廣應用的，黃花菜有山西省大同黃花菜、湖南省祁東的長咀子、河南省淮陽金針、江蘇省宿遷大鳥嘴等優質名產品種；百合有甘肅省蘭州百合、江蘇省宜興百合、浙江省湖州百合、江西省萬載百合等優良名產品種，不僅內銷，還遠銷東南亞和我國港澳等地（王素、胡是林，1995）。
此外，在進行全國性的蔬菜良種的搜集過程中，使壹些已經丟失的地方良種失而復得，為進壹步利用創造了條件，如在新疆自治區找到了已丟失的早熟、豐產的江蘇省南京市地方品種苜蓿園黃瓜和極早熟徐州葉兒三南瓜；又如重新發現了上海市楊行黃瓜、盤香豇豆、安徽省的泥裏埋四葉椒等等。同時，還進壹步發現了壹批地方良種和特產品種，可直接擴大栽培或供有關省（區）市間引種利用。如四川省發現有坐果率很高，嫩莢重達20g的重慶烏莢菜豆；單株重達2.5kg的達縣雙尖萵筍；可於11月份收獲的南江冬豇豆；高抗病毒病且高產的珙縣90天和110天白蘿蔔；以在短縮莖上叢生的膨大側芽供鮮食、深受當地群眾喜愛的芥菜新變種抱兒菜以及以葉柄供食的涪陵榨菜等。還有江西省吉安產長苦瓜，單瓜長可達1m，重750～1250g，肉厚、質佳、豐產，是其他地區所少見的品種。此外，還發現壹些野生蔬菜和稀有蔬菜，可供進壹步開發，如皖南山區特有野菜朱藤花，用其花蕾作湯用，味道鮮美；雲南省北部山區栽培的小雀瓜，采食其嫩瓜作蔬菜用；雲南省騰沖的野生紅茄，抗枯萎病，是茄子砧木的好材料；雲南省北部山區栽培的黒籽南瓜是黃瓜砧木最好材料，這壹發現完全改變了由日本進口黑籽南瓜的局面（戚春章，1985）。