DNA條帶模糊
DNA降解:瓊脂糖凝膠電泳試驗應避免核酸酶汙染。
舊電泳緩沖液:電泳緩沖液多次使用後，離子強度下降，PH值升高，緩沖能力減弱，影響電泳實驗。建議經常更換電泳緩沖液。
所用的電泳條件不合適:電壓不應超過20V/cm，溫度
DNA上升過多:凝膠中的DNA量應減少。
DNA樣品中過量的鹽含量:電泳前用乙醇沈澱除去過量的鹽。
蛋白質汙染:在電泳前用酚萃取除去蛋白質。
不規則DNA帶遷移
λ/hind ⅲ片段cos位點的復性:DNA5在電泳前65℃加熱5分鐘，然後冰上冷卻5分鐘。
電泳條件不合適:電泳電壓不超過20v/cm；溫度< 30℃；經常更換電泳緩沖液。
DNA變性:用20mM NaCI緩沖液稀釋DNA，電泳前不加熱。
DNA帶很弱或沒有
DNA樣本量不足:增加DNA樣本量；聚丙烯酰胺凝膠電泳的靈敏度略高於瓊脂糖凝膠電泳，可適當減少上樣量。
DNA降解:避免核酸酶汙染的危險
DNA出膠:縮短電泳時間，降低電壓，增強凝膠濃度。
對於EB染色的DNA，使用的光源不合適:使用短波長(254mm)紫外光源。
DNA帶缺失
凝膠外的小DNA帶:縮短電泳時間，降低電壓，提高凝膠濃度。
分子大小相近的DNA條帶難以區分:增加電泳時間，批準正確的凝膠濃度。
DNA變性:電泳前不要高溫加熱NDA鏈，用20mM NacI緩沖液稀釋DNA。
DNA鏈很長，常規凝膠電泳不適用:脈沖凝膠電泳分析。
綜上所述，在瓊脂糖凝膠電泳實驗中要註意以下幾點:
1.在準備系統時，最關鍵的試劑必須確保它們仍然有效或未被汙染:引物、酶和超純水。妳最好自己把這些東西收好，寫上個人名字收好，還有記得在冰盒上系上橡皮筋，這樣就不會因為別人在翻冰箱而碰妳的冰盒和所有試劑了。不然妳的試劑被汙染了，陰性對照瘋了找汙染源會很麻煩。而且在配置系統的時候要註意保持實驗區的清潔。可以提前使用酒精噴霧來固定空氣中的DNA，並且要壹直戴著手套，以免汙染系統。
2.pcr系統要準確，最好用別人做了很多的舊系統。
3.如果想得到漂亮的電泳圖，可以在PCR開始的時候倒凝膠(前提是妳的總PCR時間大概是1.5小時，1.5小時後妳還在實驗室)。)，讓凝膠冷卻，這樣凝膠的樣孔會更規則，凝膠本身的孔徑也會更規則。如果要在第二天再次運行凝膠，請確保將PCR樣品保存在4℃下。第二天做的時候建議將膠水冷卻25分鐘左右。
4.瓊脂糖凝膠電泳上樣時建議用槍上樣，不僅速度快，而且上樣加入凝膠孔的速度也是壹樣的。當然槍的排列最好選擇進口槍頭，國產槍頭就算了。
5.無論電泳室頻率高低，我建議每次瓊脂糖凝膠電泳都要更換電泳液，避免出現“”形條帶。