菊花的幼莖顏色為淺綠色或褐色，灰色或蓬松。大多數莖在開花後死亡。第二年春天，地下莖長出了惡芽。菊花葉單生互生，葉柄長1-2厘米，柄兩側有托葉或退化，葉橢圓形至長圓形，邊緣有缺刻和鋸齒。
葉的形狀因品種而異，可分為八類:正葉、深正葉、長葉、深長葉、圓葉、葵花葉、篷葉、舟葉。菊花(花頭)，生於枝條頂端，直徑約2-30厘米，花芽由花序外的綠色花朵組成。
花序上有兩種花:壹種是單花，俗稱“花心”，花冠連成單形，為兩性花，中心有雌蕊，柱頭2裂，子房在1的較低位置，圍繞著主要的5個藥用雄蕊；另壹種是舌狀花，生於花序邊緣，俗稱“花瓣”。花中雄蕊退化，有1個雌蕊。舌形花多形多彩，其形狀分為扁形、勺形、管形、月桂形、異形五類。瘦果(俗稱“種子”)長1-3毫米，寬0.9-1.2毫米。它的上端稍尖，扁平，呈楔形，有縱向的脊，表面呈褐色。果實中產生壹粒無胚乳的種子，次年1-2成熟，千粒重約為1。
菊花品種具有很大的多樣性，因此分類學家討論菊花的原始祖先。或認為野菊花是菊花的原始祖先，或認為洋甘菊是原始祖先，或認為其原始祖先是小紅菊，或列出壹系列可能的原始祖先名單。中國的壹些科學家也進行了種間雜交實驗，在探索菊花的真正來源方面做了壹些推測和實驗工作。無論推測還是實驗，都試圖把菊花的起源放在該屬的壹兩個種上，並試圖指出這些浩瀚的品種中哪壹個是最原始的，即找出最原始的菊花品種。
菊花頭狀花序頂生或腋生，壹朵或數朵花簇生。舌狀花為雌性，管狀花兩性。舌形花分為底形、勺形、筒形和異形四大類，色彩豐富，有紅、黃、白、墨、紫、綠、橙、粉、棕、雪藍、淺綠。管狀花已經發展成為壹種“月桂花瓣”，具有各種顏色，如紅色、黃色、白色、紫色、綠色、粉色、多色和中間色。
花序大小不壹，形態各異，有單瓣和重瓣；有扁平形的，也有球形的；有長絮體、短絮體、扁平絮體、卷狀絮體；有空心的，也有實心的；有直的，有下垂的，款式多樣，品種復雜。
瘦果(俗稱“種子”)長1 ~ 3毫米，寬0.9 ~ 1.2毫米。它的上端稍尖，扁平，呈楔形，有縱向的脊，表面呈褐色。果實中產生無胚乳的種子。次年果實成熟，千粒重約為1。秋菊從9月到10，夏菊從4月到6月。