藍藻的出現是植物進化史上的壹大飛躍。因為藍藻含有葉綠素，可以產生營養物質，獨立繁殖。今天地球上茂盛的樹木，茂盛的莊稼，美麗的花朵，都是低等藻類經過億萬年的進化發展出來的。
藍藻也叫藍綠藻。大多數藍綠藻被稱為黏菌，因為它們的類壁外面有壹層凝膠狀的塗層。
藍藻細胞壁中的原生質不分化為細胞質和細胞核，而是分化為周質和中央細胞質。周質又稱色質，位於細胞壁內表面和中央細胞質周圍，光合色素存在其中。表面色素越接近，顏色越深，這是光合色素對光的適應。周質中有液泡和假液泡(內氣)，還有貯藏營養物質如藍藻澱粉和藍藻顆粒。中心體也叫中心體，相當於細胞核在細胞中心的位置。它沒有核膜和核仁，只有染色質，所以也叫原始核或原核。
藍藻沒有色素體，光合色素散布在周質中；葉綠素主要是葉綠素a，少數藍藻有少量葉綠素b；葉黃素是藍藻葉黃素和藍藻特有的葉黃素。胡蘿蔔素是胡蘿蔔素和黃色胡蘿蔔素，藻膽素是類藻藍蛋白的總稱，藍藻包括藻藍蛋白和藻藍蛋白。
細胞壁分兩層，內層是纖維素，少數人認為是果膠和半纖維素。外層是膠質鞘，主要是果膠或少量纖維素。內壁可繼續分泌膠體增加到橡膠套。有些種類的橡膠鞘非常牢固致密，可以分層，有些種類的橡膠鞘容易水合，相鄰細胞的橡膠鞘可以互相溶解。橡膠鞘內可能有棕色、紅色、灰色等非光合色素。
藍藻的藻類有單細胞、群體和絲狀。最簡單的是單細胞。有些單細胞生物之所以成為群體，是因為它們的子細胞在細胞分裂後嵌入了膠化的母細胞壁。如果它們反復分裂，群體中可以有許多細胞，壹個大群體可以分裂成幾個更小的群體。壹些單細胞生物由於其對生命的依附，在底部和頂部具有極性分化。細絲是由細胞沿同壹分裂平面反復分裂並由子細胞連接而成。有些絲具有相同的細胞，有些絲具有異型性；有些花絲有假分支或真分支，花絲頂端的壹些細胞逐漸變成毛狀體，也叫極性分化。細絲也可以連接成團，包裹在雄性* *的膠質鞘內，是壹群多細胞個體。
藍藻門分為兩類:色藻門和藻類。藻藻體是單細胞或群體，而藻藻體是絲狀的並具有藻藻體。藍藻門的代表植物:發菜、酸漿、雞骨草和紅萍。
需要註意的是，有些藍藻是魚的誘餌。但藍藻大量繁殖時，形成噴霧，將水中的氧氣排出；魚和活的動物因此窒息而死。水噴霧死後分解釋放的物質毒性極大，是造成水生動物死亡的另壹個原因。海洋中的赤潮有的是藍藻引起的，有的是甲癬引起的，甲癬能殺死大量海洋動物，危害很大。